十一年春正月丁醜，洪承疇敗賊於梓潼，賊還走陝西。丁亥，裁南京冗官。
二月甲辰，改河南巡按禦史張任學為總兵官。三月戊寅，賀逢聖致仕。是月，李自成自洮州出番地，總兵官曹變蛟追破之，複入塞，走西和、禮縣。夏四月辛醜，張獻忠偽降於穀城，熊文燦受之。戊申，張至發致仕。己酉，熒惑逆行，諭廷臣修省。五月癸亥朔，策試考選官於中左門。六月癸巳，安民廠災，壞城垣，傷萬餘人。壬寅，孔貞運致仕。乙卯，兵部尚書楊嗣昌、戶部尚書程國祥、禮部侍郎方逢年、工部侍郎蔡國用俱禮部尚書，大理少卿範複粹為禮部侍郎，並兼東閣大學士，預機務。嗣昌仍掌兵部。是月，兩畿、山東、河南大旱蝗。秋七月乙醜，少詹事黃道周以論楊嗣昌奪情，謫按察司照磨。八月戊戌，以災異屢見，齋居永壽宮，諭廷臣修省。癸醜，傅冠致仕。戊午，停刑。流賊羅汝才等自陝州犯襄陽。
九月，陝西、山西旱饑。辛巳，大清兵入牆子嶺，總督薊遼兵部侍郎吳阿衡死之。
癸未，京師戒嚴。冬十月癸巳，盧象升入援，召對於武英殿。甲午，括馬。盧象升、高起潛分督援軍。是月，洪承疇、曹變蛟大破賊於潼關南原，李自成以數騎遁。十一月戊辰，大清兵克高陽，致仕大學士孫承宗死之。戊子，罷盧象升，戴罪立功。劉宇亮自請視師，許之。是月，羅汝才降。十二月庚子，方逢年罷。盧象升兵敗於巨鹿，死之。戊申，孫傳庭為兵部侍郎督援軍。征洪承疇入衛。是年，土魯番、琉球入貢。
十二年春正月己未朔，以時事多艱，卻廷臣賀。庚申，大清兵入濟南，德王由樞被執，布政使張秉文等死之。戊辰，劉宇亮、孫傳庭會師十八萬於晉州，不敢進。丁醜，改洪承疇總督薊、遼，孫傳庭總督保定、山東、河北。二月乙未，劉宇亮罷。大清兵北歸。三月丙寅，出青山口。凡深入二千裏，閱五月，下畿內、山東七十餘城。丙子，加上孝純皇太後諡，詔天下。夏四月戊申，程國祥致仕。