章太炎憤而辭職，除了東三省的工作根本推動不了這一原因，可能還有一個重要背景就是宋教仁被殺。
宋教仁是同盟會——國民黨的重要領袖，也是議會政治的熱情參與者。麵對第一次國會選舉，宋教仁信心百倍，南北奔波，東西奔走，就像西方民主國家的政治家一樣，到處去爭取選民、爭取選票，應該說在當時宋教仁距成功隻有一步之遙。
然而就這一步之遙卻永遠阻斷了宋教仁的議會夢，甚至阻斷了中國人對民主政治的追求和夢想。1913年3月20日，宋教仁在上海車站被刺身亡。這對中國人，特別是南方革命黨人來說，無疑是晴天霹靂，促人猛醒。
宋教仁被刺後情形
宋教仁被刺時，章太炎還在東北，他根據各方麵的情報認為宋教仁被刺肯定是一個政治謀殺，而指使者就在北京。他雖然不能肯定這件事與袁世凱有直接關係，但他相信刺殺宋教仁的主謀一定是北京的“佞臣”。章太炎呼籲輿論界主持正義，揭露真相，認真監督，追究真凶；對於南方革命黨人，章太炎竭誠呼籲惟有各黨中革命人才糾合為一，輔以學士清流，介以良吏善賈，則上不失奮鬥向上之精神，下不失健全之體魄，隻有這樣，中國的政治問題或許能夠找到出路，或許能夠平穩度過“宋案”帶給中國民主政治的困擾。
基於這些判斷與考慮，章太炎於“宋案”後離開東北趕赴上海，與國民黨人孫中山、黃興、陳其美等一笑泯恩仇，接受孫中山對“宋案”的判斷，認為當時中國政治上最嚴重的問題還是腐敗與專製，中國如果不能從根本上鏟除腐敗與專製，如果繼續容忍這些“國病”於中央，那麽什麽民國，什麽共和，其實隻是一塊空招牌，民主共和依然是一場空想、一場夢。
章太炎能夠接受南方革命黨人的判斷，承認宋教仁血案絕對不是一個簡單的刑事犯罪，而是政治謀殺，而且這個謀殺的主謀一定來自北京。這是章太炎與孫中山等人判斷相似的地方，隻是章太炎在沒有更明確的證據時，他沒有像孫中山那樣堅定地將矛頭指向袁世凱。章太炎似乎認為，“宋案”的直接受益者或許是袁世凱，但袁世凱的政治智慧使他不會這樣愚蠢、這樣笨，所以章太炎對北京的指責略有分寸，留有餘地，隻是說這些事情都是那些“佞臣”所為。這些“佞臣”，據章太炎的說法就是總統府秘書長梁士詒、參謀本部次長陳宦、拱衛軍司令段芝貴和國務總理趙秉鈞所謂“四凶”。