1913年8月11日早晨，章太炎抵達北京，迅即入住位於化石橋的共和黨總部。他還沒有來得及進行任何政治活動，卻發現自己和共和黨總部已被警方控製了起來。警方的理由是章太炎參與了“內亂”。不過，警方秉承袁世凱的旨意，也沒有太為難章太炎。袁世凱希望章太炎在此後的政治活動中能夠站在政府一邊，無奈章太炎根本不吃這一套。不知不覺中，章太炎竟在北京被軟禁了三年。三年中，章太炎軟硬兼施，裝瘋賣傻，大鬧過，大罵過，但就是衝不出軍警的包圍。到了後來，章太炎幾乎徹底失望，自殺，絕食，抗爭，什麽樣的手段都用了，依然無法逃脫。章太炎真的心灰意冷了，除了幾個弟子找他聊聊學問，三年就這樣荒廢過去了。
袁世凱在鎮壓“二次革命”後，爬上了正式大總統職位。圖為袁世凱就職後與部屬們合影。