《民報》被查封是中國革命史上的重大事件，這個事件的意義在過去一直被認為是革命形勢的高漲，引起了日本政府的反對。這其實是不確切的。日本對中國的革命從來沒有堅決反對過，一直與中國的革命者保持或多或少的聯係。查封《民報》的主要原因，還是要從清政府方麵去尋找，當清政府踏上君主立憲的道路，向東西洋各國靠攏後，東西洋各國對清政府的態度就發生了轉變，於是對反對清政府的革命黨，也就不如過去那樣寬容了。特別是日本政府當時想從清政府處獲取更多利益，所以就接受了唐紹儀的請求，下令查封了《民報》和其他反對清政府的革命刊物。
鑒於日本政府態度的變化，章太炎、黃興、宋教仁等認為《民報》既然被查封了，在日本複刊繼續出版的希望肯定是不大了，要想讓《民報》繼續發揮作用，隻有將《民報》轉移至美國或其他地方才有可能。所以，對於法院判決的罰款，章太炎拒絕繳納。而日本政府也不依不饒，竟於1909年3月13日動用警察拘留了章太炎，要讓他以勞役抵償這筆罰金。最後還是章太炎的學生想辦法，湊了一筆錢，代交罰款，將章太炎保釋了出來。
要將《民報》遷往美國或其他地方出版，就需要一筆資金。而大約在一年前的1907年初，孫中山就因清政府施壓，被日本政府禮送出境。日本政府為此提供了7000元資助，在章太炎參加的歡送宴會上，日本商人鈴木九五郎贈送了一萬元。孫中山從這些費用中提取2000元作為《民報》的經費，餘款怎樣使用，孫中山沒有向各位同誌進行解釋。
章太炎並不知道日本政府提供的7000元資助，但他知道日本商人的一萬元。他認為，日本商人的這一萬元是對《民報》的資助，孫中山隻給2000元不合適。當孫中山帶著胡漢民等同盟會幹部離開日本後，這件事在留在日本的同盟會成員中引起激烈爭論。一部分人弄清日本政府提供的資助後，認為孫中山被日本政府所收買，有損於同盟會的威望，張繼破口大罵，聲稱在革命之前必先革革命黨的命；劉師培建議同盟會罷免孫中山的總理職務，因為孫中山這樣做已經喪失了擔任總理的資格。章太炎將《民報》社懸掛的孫中山畫像撕了下來，批上“賣《民報》支孫文應即撤去”等字樣，並將這些東西寄往香港，在同盟會成員中廣為傳播。