章太炎要到印度出家為僧的想法不必懷疑，他願意接受端方的資助大約也不必懷疑，然而過了不久，由於非常私人的原因，章太炎與劉師培夫婦鬧僵了，去印度當和尚的想法雖說沒有借此終結，但至少暫時無法落實了。
與革命黨內的主流派鬧僵了，與劉師培夫婦鬧僵了，章太炎一時間幾乎成了孤家寡人。能夠和他來往的，除了那些弟子聽他侃侃大山、談談學問外，主要就是革命黨中非主流係，即原來的光複會的人了。
光複會原本是王嘉偉、蔣尊簋、陶成章、魏蘭、糞寶銓等人於1903年在東京成立的革命組織。第二年，又由陶成章、魏蘭等同上海與蔡元培協商，以龔寶銓組織的軍國民教育會暗殺團為基礎進行重組，蔡元培任會長。其宗旨為“光複漢族，還我河山，以身許國，功成身退。”當時，章太炎正被租界巡捕房拘押，蔡元培等人多次到獄中探望，並就許多事務與章太炎協商，因此，雖然章太炎被羈押在獄中，但確是光複會最早的發起人和領導者之一。
從光複會的宗旨看，與1905年在東京成立的同盟會“驅逐韃虜，恢複中華”非常相似，皆以種族革命為主要任務，所以當同盟會成立時，許多光複會成員都自然加入了同盟會。也正是由於這個原因，章太炎出獄時，孫中山派遣代表到上海迎接，委派章太炎出任《民報》編輯人兼發行人。
然而，由於經濟等方麵的原因，章太炎與孫中山等同盟會主流派的蜜月時間並不長，到了《民報》被查封，他們之間的矛盾愈加激烈。在這種情形下，原本就沒有以一個組織整體加入同盟會的光複會，其單獨活動就有加強的趨勢。陶成章在南洋一帶華僑中募集捐款，嚴重影響了在那裏募捐的孫中山，孫中山將陶成章帶去的股票扣了下來。於是，光複會與同盟會之間的矛盾越積越深。1908年8月，光複會南部執行委員李燮和等向同盟會東京總部提交了一份議案，宣布孫中山在南洋一帶的所謂罪狀，要求同盟會罷免孫中山的總理職務。這實際上使原本已經相當緊張的兩會關係更加緊張。