1906年的春節過得太慢了，以至於劉師培夫婦來傳達章太炎邀請其東渡日本時，蘇曼殊竟生出“垂死病中驚坐起”之感，匆匆收拾行裝便與陳獨秀、劉師培夫婦一行人乘船東渡。
陳、劉二人的此次東渡，都有避難的背景，蘇曼殊則是出於脫離窮苦度日的窘境的考慮，所以一行人心情都很放鬆。陳獨秀作為對蘇曼殊私生活了解甚多的當事人，旅途無聊之餘以此開起了蘇曼殊的玩笑。陳素知蘇曼殊在上海、南京等地有眾多女友，便佯裝不信，蘇曼殊性情急躁，一再解說，大家也跟著搖頭。蘇曼殊看來真是急了，突然跑進船艙，捧出眾多女友的發飾給眾人看，各式胭脂水粉一大包，眾人哄笑不已。蘇曼殊認為和眾女子之間的純潔友誼受到了嘲諷，失聲痛哭，把發飾全部拋入海中……你題辭來我作畫
章太炎，作為當時德高望重的國學大師，對蘇曼殊這位“小正太”青睞有加，在二人多年的交往合作中逐漸結為莫逆之交。章太炎長蘇曼殊十五歲，但章太炎以國粹反清，蘇曼殊則以詩、文、畫來襄助革命，可謂珠聯璧合，配合默契，充滿了戰友間的濃濃“情意”。
蘇曼殊是和劉師培、章太炎一同寓住在《民報》社的。之前我們已經說了，蘇、章二人在留日學生組織青年會時就惺惺相惜、情不自禁；及章太炎出獄到日本後，和蘇曼殊一起起草即席演講詞，洋洋灑灑六千言，以佛教思想作為革命合法性的指導思想，更是讓二人的名聲在外。大家都以和章太炎交往為榮，而蘇曼殊能與章太炎同寓，時人以為足見二人關係非同一般。隻是這其中多少有點蘇曼殊沾了章太炎的光的味道，而我們如果仔細來觀察的話，章太炎的學佛或者說佛學修養，不如說是受到了蘇曼殊的影響才對。
章太炎入主《民報》，出了一期增刊——《天討》。寓意不言自明，以曆史的酒杯，裝現實之塊壘，將矛頭直接指向清朝的統治，以天討之。章太炎所撰《討滿洲檄》這篇著名的文獻，與蘇曼殊《獵狐圖》、《嶽鄂王遊池州翠微亭圖》、《徐中山王莫愁湖泛舟圖》、《陳元孝題奇石壁圖》、《太平天國翼王夜嘯圖》一道，一同刊載在這期增刊上，五幅畫都有章太炎親筆題辭。