益生菌是否安全取決於其是否存在潛在感染和是否能攜帶和傳遞耐藥性，但是截至目前，國內外沒有益生菌引起嚴重毒副反應的相關報道，國內也未見到使用益生菌引起感染和傳播耐藥的報道。
主要使用的益生菌菌種如乳杆菌、雙歧杆菌、酪酸梭菌和腸球菌，主要從健康人腸道分離而來，作為健康人體微生物環境的一部分，這些菌株是人類經過不斷進化而形成的，且有些菌株在人類曆史長河中已經使用了上百年。
近幾十年來，臨床中也開始使用來自人體腸道以外的菌株，例如布拉氏酵母菌、地衣芽孢杆菌和蠟樣芽孢杆菌。換句話說，益生菌的安全性得到了時間的驗證，所以家長朋友們不必擔心益生菌會給孩子帶來什麽負麵影響。