1. 兒童急性腹瀉
急性腹瀉是指每日有3次以上的排便，且每次糞便均為稀水便，時間在2周以內，如果孩子出現急性腹瀉的症狀，合理使用益生菌可以縮短腹瀉和住院的時間。
這種情況下，我們首選布拉氏酵母菌散和雙歧杆菌三聯活菌散，其次還可以選擇雙歧杆菌四聯活菌片、枯草杆菌二聯活菌顆粒、酪酸梭菌活菌散劑、酪酸梭菌二聯活菌散、地衣芽孢杆菌活菌顆粒、複合乳酸菌膠囊、雙歧杆菌乳杆菌三聯活菌片和雙歧杆菌三聯活菌腸溶膠囊。這些都是常規的益生菌，很容易購買和服用。
2. 兒童抗生素相關性腹瀉（AAD）的預防
孩子在用抗生素進行治療的同時，可能會出現抗生素相關性腹瀉，也就是說，因為使用了抗生素，可能會出現腸道菌群紊亂，抗生素幹擾糖和脂肪、膽汁酸代謝等問題，從而出現腹瀉。合理使用益生菌可以明顯降低與抗生素相關的腹瀉發生率，也有助於減輕抗生素相關性腹瀉的嚴重程度。
這種情況下，首選布拉氏酵母菌散、酪酸梭菌二聯活菌散、雙歧杆菌三聯活菌散／膠囊、雙歧杆菌乳杆菌三聯活菌片，其他還包括酪酸梭菌活菌散劑、枯草杆菌二聯活菌顆粒和地衣芽孢杆菌活菌顆粒。艱難梭菌相關性腹瀉是AAD的一種嚴重類型，推薦使用布拉氏酵母菌散。
3. 兒童乳糖不耐受的治療
很多孩子都會出現乳糖不耐受，所謂的乳糖不耐受，是指因為長期腹瀉而導致的腸道內乳糖酶缺失，這時需要使用無乳糖奶粉（俗稱“腹瀉奶粉”）或者適當補充乳糖酶，益生菌輔助治療嬰幼兒乳糖不耐受時，可明顯縮短療程和住院時間。可以選擇雙歧杆菌乳杆菌三聯活菌片、枯草杆菌二聯活菌顆粒、雙歧杆菌三聯活菌散和酪酸梭菌二聯活菌散。
4. 兒童功能性便秘