1. 如何保存
通常在低溫環境下益生菌可以保持較高的生物活性，除地衣芽孢杆菌、酪酸梭菌、凝結芽孢杆菌、枯草杆菌製劑可以在常溫下保存外，其他腸道微生態製劑需低溫2～8 ℃保存，注意避光、密封。隨著科學技術的發展，現在很多益生菌做了凍幹處理，也是可以保存在常溫下的，但是保存在低溫下的效果更好。
對於袋裝粉劑的益生菌，在服用時一定要注意，未服用完的益生菌須立即封好放入冰箱冷藏保存，避免有害菌汙染。
2. 服用時間
通常情況下，益生菌是餐後服用的，因為益生菌對胃酸很敏感，過多的胃酸會殺滅益生菌，空腹時人體會分泌大量胃酸，不利於益生菌的存活。
益生菌大多為活的微生物，當活的益生菌和抗生素同時服用時，會影響益生菌的生存空間，降低益生菌的活性，所以服用益生菌時建議和抗生素隔開，最好間隔2～3小時。
布拉氏酵母菌、酪酸梭菌、芽孢杆菌、糞腸球菌等益生菌對抗菌藥物不敏感，不需要和抗生素隔開時間服用，但布拉氏酵母菌本身屬於真菌，不能與抗真菌藥物一起使用。
3. 衝調方法
益生菌的衝調，通常是加入不超過40 ℃的溫水或奶製品當中，因為高溫會殺死益生菌，降低益生菌的活性。