1886年2月，弗洛伊德赴巴黎留學回國時，繞道柏林，逗留了一個月的時間。可能有兩個原因：一是按弗洛伊德在神經科的臨床經驗和科研成果，他完全有資格在維也納大學醫學院精神病和神經病診療所擔任要職。但是，他獲悉因種族歧視的關係，他無望在那裏任職。二是來法國留學前，維也納一家公立兒童醫院院長卡索維茨（Max Kassowitz，1842～1913）想請他負責兒童神經科的工作。所以，弗洛伊德到柏林後專門拜訪了弗裏德利希皇家醫院院長、兒科教授巴金斯基（Adolf Baginsky，1843～1918），受到他的熱情的接待和幫助。弗洛伊德除了解兒童常見疾病方麵的知識之外，他還和巴金斯基博士，以及慈善醫院神經病與精神病科羅伯特·湯姆森（Robert Thomson）博士和海爾曼·奧本海姆（Hellman Oppenheim）博士一起做了一些研究。弗洛伊德還為巴金斯基編輯《兒童醫學雜誌》提供過神經學方麵的文稿。後來，弗洛伊德在卡索維茨的醫院刊物上發表過幾篇頗有分量的論文，專門論述幼兒大腦單雙側麻痹症。由於這個緣故，維也納大學醫學院諾斯納格教授後來（1897）讓弗洛伊德在他的巨著《普通與特殊疾病治療手冊》中負責這一專題的撰寫。回到維也納以後，弗洛伊德正式擔任兒科疾病研究所神經科主任多年。
與此同時，1886年4月，弗洛伊德正式開業行醫。布洛伊爾主張開始收費要低些，甚至窮人可以免費治療，弗洛伊德聽了很泄氣。盡管做了廣告宣傳，掛上了金字招牌，但頭幾個月患者寥寥無幾，收入極其有限。由於瑪莎處處表現出忍讓、儉樸和顧全大局，弗洛伊德在生活上的困難才不至於影響他的工作。隨著弗洛伊德事業的發展，他不僅個人享譽世界，而且家庭幸福美滿。但這段貧困的生活他們卻永遠沒有忘記。