近世佛教各宗，與宋明以來無大異；惟最堪注意者，為寶華山律宗之重興，至今為海內戒學之中心，是也。禪宗自宋以來獨盛；五宗中：尤推臨濟一宗，天下叢林，殆無非臨濟子孫；曹洞宗雖式微，猶有數處存在；至溈仰、雲門、法眼三宗，則宋以後已無聞矣。華嚴宗清初一盛而複衰。天台宗盛於清末。淨土宗則普被於社會；且無論何宗，罔勿兼事念佛。法相宗則唯居士多研究之；沙門以此立門庭者蓋鮮。三論宗亦極衰微。密宗則居士沙門，多有赴日本或入西藏研究者，頗有重興之機。小乘之俱舍、成實二宗：俱舍則學法相者尚兼習之；成實則知者絕少矣。茲依次述之：
（一）律宗
律宗自宋允堪、元照以後，雖未中絕；然元明之間，典型盡失；至明末清初，有古心律師傑出；其嗣法子孫三昧、見月兩律師繼起，南山宗於是複興。三昧律師創戒壇於金陵之寶華山；四方緇素之求戒者，鹹趨之；至今南北叢林之傳戒，罔不依寶華之軌範焉。
且清代自雍正年間，度牒試僧之製，無形廢除；天下叢林，隨處放戒；於是方外流品，漸趨複雜，為世詬病。幸有寶華山之律宗，以戒牒代度牒，稍示限製。寶華累代祖師，世世相傳，宗風勿衰；其於近世佛教上之影響，至重且大。茲略示諸祖事實於下：
古心律師，名如馨；溧陽人。俗姓楊；既出家，慨律學荒蕪，徒步五台山，求見文殊受戒；忽於雲中見文殊菩薩，垂手摩師頂曰：“古心比丘；文殊為汝授戒竟。”師頓悟心地法門；視大小乘律，如自己胸中流出。遂還金陵，於靈穀寺開戒說法，重興南山律宗。時稱古心為優波離轉世者也。入寂後，諡曰慧雲。
三昧律師，名寂光；俗姓錢，廣陵瓜渚人。年二十一出家；初習賢首教觀；嗣受戒於古心律師。古心一見即器之，囑以專宏律宗。師精究力行，兼習禪觀；冬夏一衲，不設臥具；一夕起行，內外洞達，遍體通明，徹見戒體。既而閉關於九子峰；參考律藏五部同異；隱居司空山，疏解《梵網經》；廬山東林遠公道場久圯，師重興之；振飾戒規，修持淨業；四方僧俗向慕，如水歸壑；晝夜六時，佛號不斷；蓮社之盛，一如遠公時。其後結廬於衡嶽，往來江漢間二十年；遠邇聞風，請法恐後。金陵東南七十裏，有寶華山者，妙峰登大師之舊道場也；歲久寺圯；南都宰官，請師重興之；師遂於此建律宗道場；規模宏麗，甲於東南；仿東林結蓮社，號為千華；接引四方大眾，學徒常有千人。南北所開法席數十處；所建梵宇二十餘處；所曆戒席百有餘壇；戒嗣遍天下；議者以為南山以後一人而已。乙酉又六月朔；示眾曰：“吾利生事畢；初四日午刻，當別大眾。”屆期，沐浴更衣，微笑而逝；時清順治二年也。壽六十有六。著有《梵網經直解》四卷。