先說筆者的結論：“牛頓晚年沉迷煉金術”之說是一個誤解。他確實收集了許多煉金術的資料，寫下了許多與煉金術有關的手稿，做了許多煉金術師曾經做過的實驗，但他所沉迷的，非是點石成金的欲望，也非長生不老的魔法，而是試圖在冗繁的煉金術資料中，找到與自己的科學假說相契合的科學證據。
牛頓與煉金術之間的關係，在他生前並不為大眾所知。原因是他留下的與煉金術有關的手稿，在長達200餘年的時間裏，並沒有被公之於世。
1727年，也就是中國的雍正五年，牛頓去世。他的親屬收集整理了他住宅中的所有論文與手稿。為了維護牛頓的曆史形象，將與煉金術有關的手稿定性為“不宜發表”塵封了起來。1936年，包括與煉金術有關的手稿在內的這批文件（與科學相關的部分已於數十年前捐贈給了劍橋大學），被拿到英國索斯比拍賣行分成322份公開拍賣，共計拍得約一萬英鎊。
稍後，這些與煉金術相關的手稿（還包括不少牛頓傳記資料）被經濟學家凱恩斯（J. M. Keynes）聚攏到了自己手中。依據這些手稿，凱恩斯寫成文章《Newton,the Man》，稱牛頓“不是理性時代的第一人，而是最後一位魔法師”。這篇文章被收錄進了英國皇家學會1946年出版的《牛頓誕辰300周年文集》。牛頓與煉金術之間的關係，由此形成了一個重要的科學史話題。①
一般認為，煉金術源於古希臘的亞曆山大和阿拉伯世界。依據世界由土、氣、水、火四元素構成的古老理論，煉金術士們相信隻要找到正確的方法，就可以將一種物質變成另一種物質。這種努力主要集中在兩個方向：（1）找到一種可以將鐵、鉛等賤金屬轉變為黃金、白銀等貴金屬的東西，這種東西通常被稱作“哲人石”；（2）提煉出一種可以使人長生不老、青春永駐的物質。