一、《易經》本為十二篇，鄭、王合彖辭於經，已非本來麵目，朱氏分而出之，是他的功。他取陳摶的《河圖》、《洛書》並入《易經》——《河圖》、《洛書》由陳摶傳至邵康節，再傳至朱文公，他就列入《易經》。有清王懋竑為朱文公強辯，謂《河圖》、《洛書》非朱文公所列，那就太無謂了。因為朱文公對於道士煉丹之術，很有些相信。他曾替《參同契》（漢時道家書）作注釋，在書上署名“空同道士鄒炘”，“鄒”、“朱”雙聲，“炘”、“熹”通訓，他的本名已隱在裏麵了。這是他的過。分《易》是還原，為功很小；增《河圖》《洛書》是益迷信，過很大。可以說是功不掩過。
二、朱文公從文章上，懷疑《偽古文尚書》開後人考據的端續，是他的功勞；他懷疑《書序》（今文所無古文所有）也是偽托，他的弟子蔡沈作集傳，就不信《書序》，是他的過。這可說是功過相當。
三、古人作詩托男女以寓君臣，《離騷》以美人香草比擬，也同此意。朱文公對於《詩序》（唐時《本事詩》相類）解詩指為國事而作，很不滿意，他逕以為是男女酬答之詩，這是不可掩的過。當時陳傅良反對朱文公，有“城闕為偷期之所，彤管為行**之具”等語（不見於今《詩傳》，想已刪去）。清人亦有指斥朱文公釋《丘中有麻》詩為女人含妒意為不通者。
與朱文公同時有呂東萊，治毛詩很精當，卻不為時人所重。元代，朱子學說大行，明代更甚。在這二代中，經學無足觀，士子受拘束也達極點，就激成清代的大反動。
清初，毛奇齡（號西河）首出反對朱子的主張。毛為文人，於經沒徹底的研究，學說頗近王陽明。他駁斥朱子的地方固精當，他自己的主張，和朱子一般荒謬。朱子注《四子書》，也有援引原注的，毛也一並指斥無餘了。繼起為胡渭（朏明），他精研地理，講《禹貢》甚精當，對於《河圖》、《洛書》有重大的抨擊。在那時雙方各無所根據，憑主觀立論，都不能立在不敗之地，漢學便應運而起。