三省白蓮教之役，為清代第一次長期之內亂，旗軍之不得力，亦顯露於此。其亂象與明季末年相仿佛。眾股迭發，不相統率，殘破各處，不據城池。出沒三省，大股人數動輒數萬。事亦起於乾隆中葉以後，而大發作於內禪告成太上訓政之日。蓋吏治至乾隆朝而壞，內亂之原，無不出於吏虐。康熙間崇獎清廉，大吏中有若湯斌、於成龍、張伯行、陳擯諸人為尤著。風聲所樹，為大吏者大率端謹。雍正時亦勤於察吏。至高宗則總督多用旗人，風氣大壞。時方自謂極盛，亂機已遍伏矣。乾隆三十九年，山東壽張清水教民王倫，以治病練拳，號召徒黨。於八月間起事，襲城戕吏，連陷旁邑，方據臨清舊城奪新城，援軍大集，擒倫於城中，凡一月而平。明年而白蓮教事發河南鹿邑，遂為川、楚巨亂之嚆矢。
《聖武記》曰：“白蓮教者，奸民假治病持齋為名，偽造經咒，惑眾斂財，而安徽劉鬆為之首。乾隆四十年，劉鬆以河南鹿邑邪教事發被捕，遣戍甘肅，複分遣其黨劉之協、宋之清授徒傳教，遍川、陝、湖北。日久黨益眾，遂謀不靖，倡言劫運將至，以同教鹿邑王氏子曰發生者，詭明裔朱姓以煽動流偽。乾隆五十八年，事覺複捕獲，各伏辜。王發生以童幼免死，戍新疆，惟劉之協遠揚。是年，複跡於河南之扶溝，不獲。
於是有旨大索。州縣吏逐戶搜緝，胥役乘虐，武昌府同知常丹葵奉檄荊州宜昌，株連羅織數千人，富破家、貧陷死無算。時川、湖、粵、貴民，方以苗事困軍興，而無賴之徒，亦以嚴禁私鹽、私鑄失業。至是益仇官思亂，奸民乘機煽惑，於是發難於荊、襄、達州，駸**於陝西而亂作。”
以上白蓮教緣起。《東華錄》不載，當出方略。《東華錄》於嘉慶元年正月戊申朔，鋪張內禪盛典。二十五日壬申，枝江、宜都白蓮教聶傑人、劉鳴盛等糾眾滋事，命惠齡剿之。惠齡，時湖北巡撫也。二月，擒聶傑人，而當陽白蓮教林之華陷城戕官，命西安將軍恒瑞率滿兵二千往剿。三月初三日己酉，命烏魯木齊都統永保往會剿。三月，襄陽白蓮教姚之富與教首齊林妻王氏陷竹山、保康，施南之來風亦陷，擾及四川酉陽。而恒瑞複竹山。四月丙子朔，命將鄖縣鄖西責成陝甘督宜綿督屬辦理。竹溪至保康，責成永保、恒瑞。當陽、遠安、東湖責成湖廣總督畢沅。枝江、宜都責成惠齡、富誌那。襄陽、穀城、均州、光化責成侍衛鄂輝等。來風責成四川總督孫士毅。於是白蓮教遍三省之交，三省大吏又益以北來禁旅盡赴軍，聲勢浩然矣。未幾，孫士毅且以剿來鳳白蓮教功晉男爵。又命直隸提督慶成、山西總兵德齡各以兵會。又散蒙古竊犯之在湖廣、河南者，從軍助騎隊。六月，永保複請調湖南苗疆兵二萬移剿。前督湖廣之福寧，已調任督川留辦兵事，與荊州將軍觀成破白蓮教於旗鼓寨，投出者二千餘，誘坑之，而以陣斬報，加宮保，益堅附從頑抗計。大帥麇集，各頓兵避戰，久無功。賞複頭等侍衛明亮追襄陽白蓮教，教眾走河南唐縣，官軍勞頓，複請增調山東、直隸兵四千，簡健銳火器營兵各一千。九月，以和琳卒苗疆，詔明亮馳往湖南，遂受平苗封爵而返。十月，四川達州徐天德等激於胥役，與太平東鄉王三槐、冷天祿等並起。四川故有啯民，蓋金川之役，永保之父溫福以大學士督師，於乾隆三十八年，敗歿於木果木，逃卒無歸，與悍民以剽掠為生計，散處於川東北者也。官捕之急，遂合於教。又襄陽白蓮教亦多入川，皆戰鬥如素習。孫士毅已卒，新川督英善、成都將軍勒禮善、陝西巡撫秦承恩，皆無敢掩之者。畢沅惟力請罷苗疆兵移剿。白蓮教愈蔓延，所過則官軍報捷蒙獎，實則白蓮教本不堅留一地也。總兵大員，累有戰死者。