嘉靖四十五年十二月庚子，世宗崩。壬子，二十六日。穆宗即位，改明年為隆慶元年。徐階時為首輔，於即位詔，免明年天下田賦之半，及嘉靖四十三年以前逋賦。所草世宗遺詔，則召用建言得罪諸臣，死者恤錄，方士付法司論罪，一切齋醮工作及政令不便者悉罷之。詔下，朝野號慟感激。時高拱、郭樸以階不與共謀，不樂，樸曰：“徐公謗先帝。”兩人遂與階有隙。
穆宗承世宗之後，享國亦僅六年，其政事倚成於內閣。閣臣用事者，亦不得謂無才，然多挾意見，無和衷之美，所形成一朝之政治，即諸閣臣意見之用事。當即位初，世宗遺詔，已因忌徐階而沮先朝悔過之美。其後閣臣進退，由恩怨之推排，為政令之反複。《明史》徐階、高拱、張居正類為一傳，頗足為朝局樞紐。《明史稿》徐階與楊廷和、楊一清為一傳，意不同。階在世宗朝，以嚴嵩能逆探帝指而肆其惡，即用其術以移帝意，拔大憝而去之，世服其智而不病其譎，階固拔除亂賊而引君當道也。迨草遺詔，夜召門人學士張居正與謀，質明，裕王入臨世宗不立太子，但先遣景王就國，以示裕王之留，即為儲貳。景王又前卒，裕王自即太子。畢，以詔草上，令旨報可。朝野比之楊廷和所擬登極詔書，為世宗始終盛事。高拱、郭樸以階引門生謀，而同列反不與，遂忌嫉騰謗言。拱初侍穆宗裕邸，階引之輔政，然階獨柄國，拱心不平。世宗不豫時，給事中胡應嘉嚐劾拱，拱疑階嗾之。隆慶初救考察被黜者，樸言：“上甫即位，而應嘉敢越法無人臣禮，宜削籍。”階睨拱方怒，不得已從之。言者謂拱修舊郤，脅階斥應嘉。階又請薄應嘉罰，言者又相繼劾拱。拱欲階擬杖，階從容譬解，拱益不悅，令禦史齊康劾階，言其二子多幹請，及家人橫裏中狀。階疏辨乞休，九卿以下交章劾拱譽階，拱遂引疾歸，康竟斥，樸亦以言者攻之，乞身去。給事禦史多起廢籍，恃階而強，言輒過激，帝不能堪，諭階等處之。同列欲擬譴，階曰：“上欲譴，我曹當力爭，乃可導之譴乎？”請傳諭令省改，帝亦勿之罪。是年，詔翰林撰中秋宴致語，階言先帝未撤幾筵，不可宴樂。帝為罷宴。帝命中官分督團營，階力陳不可而止。南京振武營兵屢嘩，階欲汰之，慮其據孝陵，不可攻也，先令操江都禦史唐繼祿督江防兵駐陵傍，而徐下兵部分散，事遂定。群小璫毆禦史於午門，都禦史王廷將糾之，階曰：“不得主名，劾何益？且慮彼先誣我。”乃使人以好語誘大擋，先錄其主名，廷疏上，乃分別逮治有差。階之持正應變多此類。然階所持諍多宮禁事，伸者十八九，中官多側目。會帝幸南海子，階諫不從，方乞休，而給事中張齊以私怨劾階，階因請歸，帝意亦漸移，許之。舉朝疏留，報聞而已。王廷複刺得張齊納賄事，劾戍之邊。階既行，李春芳為首輔，未幾而拱出。