嘉靖一朝，始終以祀事為害政之樞紐，崇奉所生，已極憎愛之私，啟人報複奔競之漸矣。帝於大祀群祀，無所不用其創製之意，而尤於事天變為奉道，因而信用方土，怠政養奸，以青詞任用宰相，委政順旨之邪佞，篤誌玄修，更濟以獨斷自是，濫用刑辟，遂有權相柄國，殘害忠良。議禮稍竣，而嚴嵩進用，始猶有相軋之夏言，言不得其死，而嵩獨專國政十四年，正人受禍不知凡幾，其影響皆由帝僻好神祗符瑞之事來也。嘉靖二年閏四月，帝始用太監崔文言，建醮宮中，日夜不絕。楊廷和力言不可，引梁武、宋徽為喻，優旨報納，然修醮如故。給事中劉最上章極諫，且劾文耗帑金狀，而帝從文言，命最自核侵耗數。最言帑金屬內府，雖計臣不得稽贏縮，文乃欲假難行事，逃己罪，製言官。疏入忤旨，出為廣德州判官。廷臣論救，不納。文憾不已，嗾其黨芮景賢奏最在途仍故銜，乘巨舫，取夫役，巡鹽禦史黃國用複遣牌送之。帝怒，逮二人下詔獄，國用謫極邊雜職，最戍邵武。其後帝益好長生，齋醮無虛日，命夏言為監禮使，顧鼎臣等充導引官。鼎臣進《步虛詞》七章，且列上壇中應行事，帝優詔褒答之。自此詞臣多以青詞幹進矣。
七年春，靈寶人言黃河清者五十裏。遣太常往祭告。禦史周相疏諫，帝震怒，下之獄。四月，南贛巡撫汪鉉奏所部有甘露降，為帝仁孝之感。帝喜，遂告郊廟。於是告祥瑞者踵至。
十四年二月，作九廟。初洪武八年，改建太廟，定為同堂異室之製。成祖遷都，建廟如南京。帝更定廟祀，銳意複古，諭閣臣曰：“宗廟之製，父子兄弟，同處一堂，於禮非宜。太宗以下，宜皆立專廟南向。”諸臣上議，曆年未決，至是盡撤故廟改建之，諸廟合為都宮，廟各有殿，有寢，太祖廟寢後有祧廟，奉祧主藏焉。太廟門殿皆南向，群廟門東西向，內門殿寢皆南向。二十年四月，九廟災，議重建久之，仍複同堂異室之舊。二十四年六月乃告成。