《金剛三昧經》始見於《出三藏記集》卷三之《新集安公涼土異經錄》中，為失譯經典，但現存本雜有許多後起的內容和名相，顯然已非寧康二年（374）以前的譯本，而是後人之作，唯沿用舊名而已。印順法師判之為道信以前出現的中土之作[1]，堪稱真知灼見。然仍有不少學者另立新說，認為此經出自新羅，如韓國的金英泰、美國的巴斯維爾等[2]。中國學者杜繼文、日本學者柳田聖山更指出是經乃元曉所撰。異說紛呈，不可不辨。
杜繼文隻是指出此經係元曉與大安共同創製，未說明根據。柳田聖山則在《金剛三昧經研究》中提出了似是而非、經不起推敲的證據。如柳田認為，《金剛三昧經》中早已包含敦煌本《二入四行論》的內容和形式，因此，達摩二入四行說應出自此經，非達摩學說。柳田又指出，此經的出現對玄奘唯識的性相判別是一個猛烈的打擊，在對抗玄奘唯識的運動中，禪宗依《楞伽經》的一派根據《金剛三昧經》杜撰了現存敦煌本《二入四行論》。柳田還認為，元曉為對玄奘唯識學派施加壓力，先撰了《金剛三昧經論》，而是經是由大安從論中提取出來的[3]。
達摩二入四行說確實與《金剛三昧經》的二入說有密切關係，二者先後次序不易判斷，但若認為是經乃元曉之作，就足可判定達摩之說在前。柳田稱敦煌本《二入四行說》乃依此經而撰，本來並無根據，姑依其說，則又置道宣所記二入四行說於何地呢？從內容及文字上看，道宣所記與敦煌本所載應屬於同一係的傳說，若認定敦煌本在元曉作經之後出現，道宣所記亦應如此。這就會在時間上產生無法解釋的問題。
杜繼文先生指出，此經“出現的時間遠比達摩晚，也在達摩禪法的記載者道宣（596-667）之後”[4]。這一說法是有一定道理的。《金剛三昧經論》作於何時難下定論，但肯定是元曉晚年之作。水野弘元假定其作於元曉五十歲時（665）[5]，金勳博士認為時間更遲，並提出了有力的證據，如言此論中提到《起信論疏》《二障義》等，但在現存其他著述中從未提及此論[6]。