綜合考察作者文集的多種情況，選取其最具代表性的文集作為《全元文》的收錄對象，這是在元代文集作者確定之後的第二步工作。元朝距今已有六七百年，在漫長的流傳過程中，很多作者的文集經過反複編訂，從而留下多種文集傳世。尤其是那些影響重大的曆史人物，如許衡、劉因、吳澄等儒學大師，趙孟頫、虞集、黃溍、楊維楨等文章钜公，傳世文集都有多種。這些文集不僅編訂時間有先後，編卷形式有不同，而且收錄的範圍和內容也往往各有差異。還有一些作者的文集在流傳中已有部分或全部散佚，經過後人的輯錄、整理或重新編次，文集情況亦頗混亂。在紛繁複雜的多種文集中，選取作者的哪一部文集作為《全元文》的收錄底本，是一個必須非常慎重的問題。
一、擇取全本文集
根據力求其全的編纂原則，《全元文》首先選取那些刊載文章最多最全的文集進行收錄，以保證將作者的傳世文章盡可能完整地收入《全元文》。比如元前期名臣劉敏中（1243～1318），字端甫，號中庵，濟南章丘（山東章丘）人。至元中，任監察禦史，曾彈劾權臣桑哥。成宗、武宗朝，多次上書言事，官至翰林學士承旨。《元史·劉敏中傳》載其著有《中庵集》25卷。清乾隆中修《四庫全書》，未能征集到其書，四庫館臣根據《文淵閣書目》、梁維樞《內閣書目》、葉盛《籙竹堂書目》、黃虞稷《千頃堂書目》的著錄情況，認為劉敏中集已經散佚，遂從《永樂大典》中輯錄其詩文，以類編次為《中庵集》20卷，其中文章僅142篇。[1]其實，劉敏中文集並未佚失，國家圖書館今存元元統二年刊本《中庵先生劉文簡公文集》25卷的縮微膠卷，國家與上海圖書館還藏有清抄本各一部。因此，《全元文》選取元刊本《劉文簡公文集》作為底本，收錄劉敏中文章219篇，補以集外文15篇，而未采用四庫館臣輯錄的20卷本《中庵集》，保證了劉敏中文集的完整收錄。[2]