文集版本的確定，是元人文集選擇之後的第三步工作。《全元文》注意選取那些刊板流傳較早，能夠較完整地保存作者文章原貌的版本，同時也重視收存抄錄、校勘精良的善本。當然，由於客觀條件的限製，有時也不能盡如人意。
一、始刊本與早期刻本
《全元文》注重利用元人文集的早期刻本，在182位作者的203種文集中，《全元文》采錄元刊本8種，元刊明修本2種，明刊本32種，明刊清修本2種，合計44種。這些版本對於《全元文》的意義，不在於其年代久遠，有很高的文物價值，而在於其刊板時間與作者寫作的時代較為接近，能夠較好地保存作品的原貌。其中國家圖書館藏元延祐六年（1319）李懷素刊本《知常先生雲山集》，是《全元文》存錄的刊板年代最早的元人文集，至今已有近七百年曆史。原書5卷，詩3卷文2卷，今存本已殘，僅存卷3至5，所幸殘佚部分恰是詩集，文集部分尚保存完整，《全元文》即據之收錄蒙古國時期全真道士姬誌真的文章。
在《全元文》采錄的元刊本中，大部分是作者文集的始刊本。如元前期名臣劉敏中，“以文學受簡知，致身通顯，朝廷典冊，钜公銘誄，所著為多”。[1]劉氏卒後，詩文集藏於家中，學者不可得見。元統二年（1334），其婿魏誼將劉敏中集刊板傳世，囑韓性為之序。此為敏中集的始刊本，上距延祐六年（1319）劉氏辭世，不過十五年。《全元文》即據國家圖書館藏來自台灣的元元統二年刊本《中庵先生劉文簡公文集》25卷的縮微膠片，收錄劉敏中的文章，避免了使用《四庫全書》輯佚本或清抄本可能出現的傳抄錯誤。又如元代名僧釋大，傳世文章多至340餘篇。其詩文集《蒲室集》15卷、附《書問》1卷、《疏》1卷、《笑隱和尚語錄》1卷，為大生前所編刊，後至元四年（1338）虞集作序。《全元文》收錄釋大文集，也是以始刊的元後至元本為底本，很好地保存了大作品的原貌。又如色目名臣馬祖常（1279～1338），中延祐二年元朝首科進士，握手曆清華，踐任台閣，詩文溫厚典則，有漢唐之風。祖常卒於後至元四年，門生蘇天爵編其詩文為《石田先生文集》十五卷，後至元五年刊刻於揚州儒學。《全元文》即據此始刊本收錄馬祖常之文集。此外，《全元文》用為底本的元至順元年（1330）宗文堂刊本《靜修先生文集》，元刊本《村西集》與《西翁近稿》，也都是劉因、譚景星文集的始刊本。