關於這部作品，一個似是而非的說法就是：這部天主教彌撒最初創作的兩部分，在路德教禮拜中同樣可以使用。1733年奉獻給波蘭國王的就隻包括這兩部分（哀悼奧古斯特一世的《垂憐經》、慶賀奧古斯特二世繼位的《榮耀頌》），恰好是路德派保留的彌撒曲結構。但早在兩百年前，路德及其門徒、神學大師梅蘭希頓就認定：包括彌撒在內的聖事，必須以母語取代拉丁語。在路德正統派大本營的薩克遜（甚至整個新教世界），使用羅馬教會官方語拉丁語進行聖事，可能性極低。即使最初兩部分的《B小調彌撒曲》也是羅馬的—巴赫在人生最後十多年，在疾病纏身、完全失明的情況下，竭盡心力要使這部作品合乎天主教規格。秘密在於，嚴格拉丁形式下，有一顆熾熱的日耳曼靈魂。
這部作品不同於曆史上任何彌撒曲之處，就在於其強烈的新教信仰和路德主義。將這部跨17年之久的文獻熔鑄成一塊精鋼的，是路德主義。在羅馬天主教的彌撒形式中的宗教改革精神，就像兩百年前在路德和巴赫故鄉埃森納赫的偉大運動一樣，白熾火藍，勢如破竹。
從1740年開始，巴赫再次對《B小調彌撒》進行基於早期作品的再創作：第三部分《聖哉經》創作日期在1724年左右，巴赫剛到萊比錫任職。《尼西亞信經》第二部分與“和散那”、《降福經》、《羔羊經》混和式的第四部分，來自巴赫不同時期的德語宗教康塔塔。巴赫專家弗雷德裏希·西蒙認為，《B小調彌撒》是包含四個獨立作品的“綜合體”。但這是巴赫式綜合體，各部分神學思想高度統一、音樂技術焊接無隙，每一部分都在B小調和D大調上展開，和聲統一。“我們向您感恩”動機在作品最後“賜我們以和平”再現，構建出一個音樂大廈。作品的一體性還體現於不同樂段間的主題關聯性、各樂段間強烈對比，聲音器樂化、器樂聲樂化互相推動。這部恢宏作品包括了巴赫全部作曲技巧和神學思考，當時所有樂器都各展其長。精致的帕薩卡裏亞舞曲、複雜的對位法、意大利協奏曲、拿波裏愛情重唱等，藝術性的詠歎調和華麗莊嚴的管弦樂，配置均衡，不僅將不同樂段連接成為一個統一、豐富、協和的整體，堪稱獻給宗教改革先導馬丁·路德的最高禮讚，完美實踐了馬丁·路德“音樂即神學”思想。