這一時段的文獻中既有中土文獻與漢譯佛經的區別，也有言文脫節所體現出來的新陳代謝的趨勢，因而語氣詞的使用與上一時期相比，也體現出一些新的特質。
這一時期新產生的語氣詞有“為”“不”“時”“那”“來”“看”等，它們的來源及使用狀況在後文陸續有討論，此處不贅。從上古繼承下來的語氣詞，有“也”“矣”“焉”“者”“爾”“而已”“耳”“已”“乎”“哉”“夫”“與”等。不過繼承中往往有一定的變化或創新：一些語氣詞的使用頻率逐漸降低，如“與”“夫”等；一些語氣詞的使用有了擴展，或者語氣義有了新的發展，如“乎”“耳”“也”等。
不同種類的文獻中語氣詞的使用也呈現出一定的差異，新產生的語氣詞往往在口語程度高的文獻中最早出現，傳承下來的語氣詞在文言程度高的文獻中使用頻率往往更高。關於語氣詞在不同文獻中的使用差異，第六節“南北朝語氣詞係統”有具體數據統計和一些討論。此處簡單介紹幾個源於上古、不過用法又有一定變化的語氣詞。
（一）矣
這一時期的“矣”主要還是表動態陳述，即現時相關性。如：
（1）（嵇）康臨去，（孫）登曰：“君才則高矣，保身之道不足。”（《世說新語·棲逸》）
（2）爾時，難陀有從者，白難陀言：“浴時已到，今可去矣。”（劉宋·求那跋陀羅《雜阿含經》卷三十）
不過六朝以來“矣”的使用明顯減少，這點在譯經中更為明顯。孫錫信認為造成“矣”減少的原因在於用之不嫌其多，缺之不嫌其少，並舉了如下兩例作對比[11]：
（3）伶跪而祝曰：“天生劉伶，以酒為名，一飲一斛，五鬥解酲。婦人之言，慎不可聽！”便引酒進肉，隗然已醉矣。（《世說新語·任誕》）