耐人尋味的是，國粹派“夷六藝於古史”所體現的經學思想的轉換，又是通過20世紀初年激烈的今古文爭而獲彰顯的。
但是，主張君主立憲的康有為等人高揭今文經的大旗，而主張排滿革命的國粹派則高揭古文經的大旗，這絕非偶然。它說明，其時國粹派倡大古文經及其與康有為今文經學派的對立，不能單純歸結為傳統的學術上的分歧，而應當看到其更深刻的動因，卻是植根於現實的革命派與立憲派間尖銳的政治鬥爭。
眾所周知，今古文爭是曆史上的一樁公案，但20世紀初年，康有為、廖平、皮錫瑞等人與國粹派間的今古文對立，與戊戌前相較，已不可同日而語。古文經學在幾千年的封建社會中，長久踞主導地位。它原服務於封建統治，不言自明。清代今文經學派重新崛起，借助今文經長於風議的特點，宣傳變異與經世思想，為經學帶來了新生機。尤其是康有為高揭“孔子改製”的大旗，以公羊“三世”說附會西學新知，推進戊戌維新運動，更使今文經學的正麵的社會效應得到了充分的展布。但是，隨著戊戌維新迅速失敗，今文經學社會效應的正負麵價值，此消彼長，開始發生逆轉。特別是康有為固守“孔子改製”說，其消極的負麵價值，更日益顯露出來。這表現有二：一是發展了公羊家的神秘主義，尊孔子為百代教主，主張日趨荒誕，窒息了思想活力。這一點甚至連其弟子梁啟超及黃遵憲都不願苟同；[1]二是自1902年後，公羊“三世”說實已被康作了重新詮釋。他說，《春秋》分據亂、升平、太平之世，即君主專製、立憲、民主之法，“必當一一循序行之，若紊其序，則必大亂”[2]。中國正處於由據亂向升平過渡之時，民主絕不可行。不僅如此，他還強調：“中國之治教，遂以據亂終，漁流斷港，無由入於升平太平之域”[3]。由於升平、太平之世被判定不可企及，中國不出據亂世，所以康專講“撥亂”，即加強亂世君權的重要性。[4]要言之，隨著康有為由一個“拉車子前進”的改革者，退化為“拉車屁股後退”的保皇派，其原先力圖“推陳出新”的今文經學和“孔子改製”說，實蛻化成了自己政治上堅持君主立憲和反對革命的工具了。其時許多革命黨人也已經指出了這一點。例如，無俚在《孔子非滿洲之護符》[5]一文中就指出，康有為諸人無非借公羊說“以為胡虜藏身之固”。他說：“虜廷以革命風潮起於新學，遂尊孔子為上祀，冀以君臣之義鉗製之”，而康有為諸人“亦附會春王正月之文，以阿虜廷所好，不悟革命二字即出於孔子易傳，而尊周攘夷，春秋並著其義，周王可尊，未聞虜王之可尊也”。隻是他們缺乏經學的功力，無法與康有為諸人同時在學術領域爭鳴駁難而已。