國粹派始終強調保存史籍是保存國粹和進行史學研究的前提，因此於此竭盡全力，卓著建樹。
中國古代史籍因清初清朝統治者一再大規模毀禁圖書，損失慘重。其後，尤其是鴉片戰爭後，兵燹屢興，亡佚益甚。國學保存會一成立便注重收集遺文孤本。其主要途徑有三：一是在《國粹學報》不斷公開征集。例如，其第4年第2期上就刊有征集黃梨洲遺書的廣告，並公布了黃七世宗子提供的52種著作總目；二是發動會員廣為訪求。1908年年初，黃節從廣東來信報告說：“日來訪求忠義之跡”頗有收獲，計訪得陳獨漉真跡字二幅，清湘殘梅一付，並魏征字真跡，元祐黨人碑一幅。又去番禺新汀屈翁山故鄉訪其遺書。在廣州複發現了鄭所南、史可法等人真跡，擬或購借或攝影而歸[1]。此種訪求通過留學生擴展到了日本。《國粹學報》常刊有報告日本各圖書館收藏中國古籍情況的來信。1907年劉師培甫到日本即報告：在東京博物館發現宋版《玉篇廣韻》、醫書數種、唐石刻及字畫等[2]；三是通過書販收購。國粹派為收集珍貴史籍曆盡艱辛，可從鄧實訪求《錢牧齋初學集箋注》、《有學集箋注》看出來。錢謙益為清初著名學者，乾隆時著作遭禁毀，“幾於隻字不存”。迄晚清，藏書稍出。鄧實自謂：“餘托書賈物色將近十年，今乃獲之（指《初學》、《有學》二集）”。此前，他已先訪得錢著《投筆集》、《吾灰集》及錢箋杜詩等，但尚缺錢氏所選《列朝詩集》及其文集、尺牘。他在《國粹學報》上撰文說：“至今未得，心常怦怦，世有藏者，如能割愛，餘固不惜兼金以相酬耳”[3]。不惜重金收購，足見其用心良苦。但也唯其如此，獲致頗豐。例如，是時《龔定盦集》不下十數種，但所據不外武林吳氏本、平湖朱氏本而已，皆未得見魏源定本及其子龔孝珙手編定本。1907年鄧實輾轉獲得《定盦詩文》手稿4卷（9～12卷），是為龔孝珙在魏源定本的基礎上重定之手編原跡。1910年又獲致龔孝珙定本前8卷，由是《定盦全集》始有定本，包括《定盦外集》、《定盦詩定本》、《定盦詞定本》、《集外未刻詩詞》，成為其時收集最全的龔自珍著作合集[4]。此外，《章學齋述學駁義》四篇，世無傳本，由學誠世交處抄得之；《戰國紀年》（40卷，晉陵湯氏撰），得之閩賈，不見著錄，為舊抄本；《大廣益會玉篇》（30卷，梁顧野天撰），唐本久佚，此為最舊的元刻本。如此等等。