國粹派的中西文化觀，以1904年提出“國學”論為標誌，發生了根本性的轉折。在此之前，國粹派一般都熱衷於從生物進化的觀點評說中西文化，強調中國文化落後於西方乃是進化程度上的滯後，因而是整體的、根本性的。鄧實分人類文明進化為三期：“一統時代”、“小通時代”、“大通時代。”他認為，“宇宙進化循天演之大圈日進而未已”，西方文明已是由第二期向第三期過渡，而中國不過“方出第一期之一統時代”[1]而已。黃節也說，中國文化進化程度不及西方，“其階級相懸”甚遠[2]。但是，在此之後，卻一改初衷。《國粹學報敘》指出：在近代中國屢經竭蹶之後，國人“則還而質諸吾國何以無學，吾學何以不國，而吾之國之學，何以遜於泰西之國之學”，而多數人竟然“懵然而皆莫能言”，是為足以亡國的“人心之死”的悲哀[3]。提出中國何以無“學”，或有“學”何以不如西方的問題，所以本身就是一種悲哀，是因為它說明人們不懂得“無用者君學，而非國學”的道理，即現實的中國文化的衰墮，不是“國學”發展的結果，恰恰是其隱耀不明所致。“國學”未嚐用，固不能說無用；同樣，“國學”既未得發舒，又如何能說它一定遜於西方？在國粹派看來，籠統判定中國文化不如西方文化是不可取的。所以，毫不奇怪，由是他們放棄了先前從進化遲速的角度看問題，轉而主張采取分析的態度，重新審視中西文化及其關係。
國粹派在其時引起軒然大波的兩個重大問題，即在關於是否應廢棄中國語言文字和中醫學問題上的見解，就集中反映了這一點：
20世紀初年，一些“醉心歐化”者借口中國文字艱深，“不適於用”，倡言廢棄漢文漢語，其中以創刊於巴黎的中國無政府主義者刊物《新世紀》為最激烈。1908年春，該刊連續發表了吳稚暉、篤信子等人的文章，主張“直截了當”廢棄中國文字，改用“萬國新語”即世界語，一時產生了頗大的影響。篤信子說，中國充其量“略有野蠻之符號”，談不上有文字。“棄吾中國之野蠻文字，改習萬國之語之尤較良文字，直如脫敗絮而服輕裘。”蘇格蘭也認為，“守古為支那第一病原，漢文為最大多數支那人最篤信保守之物”，所以救亡第一要策，當在“廢除漢文”。吳稚暉完全讚同上述二人的觀點。他強調，中國文字不過是祖宗遺留的“糟粕”，是代表“舊種性”障礙國民進化和“製造野蠻”的淵藪。因此，它不能適應現代文明社會的需要，必歸於淘汰[4]。吳稚暉等人介紹世界語固然不錯，但他們詆毀和主張取消中國文字，顯然表現了極端的民族虛無主義，它開了新文化運動時期少數人廢漢字宣傳的先河。