晚清國粹派不僅有著排滿革命共同的政治基礎，而且作為一個學術派別，就其主要代表人物而言，又有著共同的學術淵源關係。此種政治上、學術上的雙向趨同，使國粹派較之其他政治派別具有更加耐久的維係力。同時，也因是之故，探討其學術淵源，可使我們對國粹派及其文化思想的理解，多一層曆史感。
國粹派共同的學術淵源，就在於他們都承繼了清代樸學的緒餘。
樸學即漢學，為清學中堅。清初顧炎武開其先河，迄乾嘉間，蔚為大觀，漸成以惠棟為首的吳派和以戴震為首的皖派兩大學派。吳派尊崇漢學，篤守家法，為學最專，但“不問‘真不真’，惟問‘漢不漢’”，略嫌猵狹；皖派為學最精，“實事求是，不主一家”，被梁啟超譽為最能體現清學精神即體現科學與解放精神的理性學派。[1]戴震之後，其弟子異趨，衍成幾多學派。其中，揚州學派、浙江學派和嶺南學派，更具影響。迨清末，三派的流風餘韻，風雲際會，複緣國粹派而彰顯。
揚州學派 揚州於乾嘉之際，實為吳、皖兩派漢學交匯之區。惠棟吳派弟子多來居揚州，若汪中、劉台拱、李惇、賈田祖、江藩等以次興起。皖派巨擘戴震本人曾久居揚州，其弟子除金壇段玉裁外，也以揚州為盛。高郵王念孫、王引之父子，傳其形聲訓詁之學；興化任大椿傳其典章製度之學；江都焦循則擴其義理之學。儀征阮元，友於王氏、任氏、焦氏，複從戴震鄉裏同學淩廷堪、程瑤田問故，得其師說。吳、皖二派在這裏並非互相對立，而是彼此交融。汪中、李惇，劉台拱均為王念孫同裏，彼此交善。劉台拱正是在王的影響下，專意說經；而汪中則自謂上承顧炎武、惠棟、戴震一脈相傳的餘緒，並擬作《六儒頌》。[2]所以，由任大椿諸人開其先河的揚州學派，實兼容吳、皖二派而成長。道、鹹間，阮元以古學躋顯位，風聲所樹，揚州經師輩出，一時稱盛：“蓋乾嘉道鹹之朝，揚州經學之盛，自蘇常外，東南郡邑，無能與比焉。”[3]不過，劉師培強調，從汪中到其先祖，揚州學派乃得戴震真傳，為皖派嫡係。所以他在《戴震傳》中說：“故先生之學，惟揚州之儒得其傳 ，則發揮光大固吾郡學者之責也。”[4]劉師培的曾祖父劉文淇，早年受經於淩曙，又從阮元問故，與劉寶楠同為揚州學派的後勁，故淮東有“二劉”之目。劉家世傳經學，劉文淇與其子毓崧、孫壽曾，均以經學名於道鹹同光四朝，並列《國史·儒林傳》。劉師培的父親貴曾，亦以經術發名東南。所以，劉師培少承家學，“未冠即耿思著述，服膺漢學，以紹述先業，昌洋揚州學派自任”。[5]當代著名學者張舜徽先生也肯定說：“劉師培出生的年代雖較晚，卻是清代揚州學派的殿軍。”[6]