清末，包括劉師培在內的國粹派學人和其他學者在探討中國學術發展史時，關注的重點是清代學術。這是很自然的事情。因為對他們而言，清學不僅屬“本朝”史的範圍，與現實息息相關，而且更重要的是，這一代學者是在清學的滋養下成長起來的，無論每個人成長後的發展方向如何，都離不開清學這一豐厚的土壤。
在劉師培的學術史著述中，論清代學術的篇幅最多，也最分散。檢視之下，大體可分為三類：通論性著述、學案體著述、傳記類著述。三者在內容上有重複之處，但基本各有特色。
一、通論性著述
劉師培通論清代學術之由來、變遷以及流派衍化的著作以《近儒學術統係論》、《清儒得失論》、《近代漢學變遷論》為代表，另外在《國學發微》、《南北學派不同論》等著作中也有這方麵的論述。
清代學術以考據學為核心，不少人相信這是學術界厭倦宋明理學之空談而轉向經史考證的結果。經史考證以考經為主，是接續漢代經學而來，故考據學亦被稱之為漢學。劉師培總結清代學術就是從對這類問題的論述入手的，因這關涉到清學來源和界定等清代學術史上的根本問題。一方麵，劉氏不太讚成宋明學術全為空疏的看法，更強調考據學與宋明學術的曆史連續性。他曾說過：
宋元以降，士學空疏，其尋究古義者，宋有王伯厚，明有楊慎修、焦弱侯。伯厚博極群書，掇拾叢殘，實為清學之鼻祖。[1]
明人之學，近人多議其空疏……錢大昕曰：“自宋以經義取士，守一先生之說，而空疏不學者皆得名為經師，至明季而極矣。”又曰：“儒林之名，徒為空疏藏拙之地。”阮芸台曰：“終明之世，學案百出，而經訓家法，寂然無聞。”江鄭堂曰：“明人講學，襲語錄之糟粕，不以六經為根抵，束書不觀（此語出於黃黎洲）。”此皆近人貶斥明人學術之詞。然由今觀之，殆未盡然。[2]