從1903年到1907年，除中西交匯之學外，劉師培具時代關懷意味的“預流”學問主要是中國學術史研究。實則二者密不可分，劉氏常運用西學以評估中國古典學術得失，前文已涉及於此。這裏將學術史作為論題單列出來，是從獨立視角考察它，其中也會再度涉及與西學的關係問題，但因已轉換主題，故別有意味，非簡單重複。
劉師培的學術史著作涉獵甚廣，從先秦迄於清代，皆有所述，但最重要的是其對清代學術的討論。這一討論特色鮮明，值得單列出來，故本節所論不及於清代。
一、學術史通論
從1903年一登上學術舞台，劉師培便有與學術史相關的論著發表，直到1907年始終未輟。有學者鑒於其學術史研究著作大都以劉光漢之名揭載於《國粹學報》，遂據“劉光漢”與《國粹學報》兩因素，將他這方麵工作分為三期：第一期，1903年至1904年，為前《國粹學報》之光漢時期，該時期尚無學術史研究的專著，除單篇文章外，在宣揚政治思想的專著中，頗多對學術史的見解；第二期，1905年至1906年，為《國粹學報》之光漢時期，他有關學術史研究的專著都在《國粹學報》上連載，在社會上引起巨大反響；第三期，1907年，為《國粹學報》之師培時期，學術史研究論著突然減少，沒有專著，僅有論文，文章的署名改為劉師培。“從此往後，他對學術史的研究基本終結。”[1]這一分期，大體適當，不過1908年以後他仍有涉及學術史問題的零星議論，隻是未形成係統的文字。
劉師培直涉學術史或與學術史相關的論著（如某些政論中有學術史內容）頗多，若以年係之，則有下列：1903年，《中國民約精義》；1904年，《攘書》、《泰州學派開創家王心齋先生學術》、《新史篇》、《中國思想大家陸子靜先生學說》、《西漢大儒董仲舒先生學術》、《近儒學案序》、《習齋學案序》、《幽薊顏門學案序》、《並青雍豫顏門學案序》；1905年，《國學發微》、《周末學術史序》、《論文雜記》、《古學出於史官論》、《文章原始》、《南北學派不同論》、《古政原始論》、《東原學案序》、《漢宋學術異同論》、《古學起原論》、《揚州前哲畫像記》、《孫蘭傳》、《兩漢學術發微論》、《王艮傳》、《全祖望傳》、《顏李二先生傳》；1906年，《戴震傳》、《王門巨子泰州學派大家王心齋先生傳》、《古學出於官守論》、《戴望傳》、《劉永澄傳》、《中國哲學起原考》、《朱澤沄傳》、《補古學出於史官論》、《汪紱傳》、《徐石麒傳》、《漢代古文學辨誣》、《經學教科書》、《中國曆史教科書》；1907年，《王學釋疑》、《近儒學術統係論》、《儒學法學分歧論》、《清儒得失論》、《近代漢學變遷論》、《論古今學風變遷與政俗之關係》、《崔述傳》、《蔡廷治傳》；等等。這些論著如按內容分類，大體可分為通論、論先秦學術、論兩漢學術及漢宋學術流變、論清代學術四類，當然其中也包含這四類論題之外的內容，但以這四類最為集中，是為重點。