漕糧改折詔的頒布，與《辛醜條約》後清廷財政局勢密切相關，是清廷麵對巨大危機時的無奈選擇。與此相配套，則有火車剝運一事。即便如此，漕糧改折也因中央與地方財政權力的分野而大受牽製，無法得到通暢的實施。但不可否認，漕糧改折詔畢竟取得了一些實效，並在事實上成為晚清漕運製度、乃至中國漕運製度的一次總結。火車剝運也完成了清代漕糧海運史上運輸工具的又一次飛躍。
向陝西剝運漕糧的活動還未結束，就出現了清廷與西方列強議和的情形，慈禧太後及光緒帝回京的可能性驟增。北京電示江蘇：“須將存滬餘漕，明春一並運津。”江蘇回複，本打算運陝5萬石，已經運出38000石，其餘部分也由滬裝輪赴鄂，未便再行改道。未運之糧，則會準時運赴天津。劉坤一還稱，此次運往陝西漕糧5萬石及白糧1萬石，運費約須30餘萬兩。開銷之巨，令人咋舌。
出於自身考慮，陝西仍然希望各省能繼續向陝西運糧。他們聲稱，陝西所存之銀有439萬餘兩，各省運到及尚在途中之米僅20餘萬石，“如果回鑾在即，盡此數銀糧支發，固無不敷”，但畢竟回期未定，加之警報疊來，“彼族似猶不忘內犯，萬一要挾以萬不能從之事，迫我於不能不再議戰之時，則糧餉兩空，將何以為籌戰籌防之具乎？”即使決無議戰議防之事，銀糧充足也絕非壞事，“將來啟鑾不過多費一番轉輸而耳”。這當然遭到各省的反對。袁世凱表示，雖然山東米價較陝西低，但船隻短少，雇覓為艱。自十裏堡至河南孟津，水程1600餘裏，非數月不能運到。及抵孟津，又須等車陸運，再曆崤函之險，由陝州西行入渭。運至陝境，約需兩三月。與其緩不濟急，不如協款助賑，故隻是提銀3萬兩交差。
李鴻章曾指出，京通倉米經各國出糶，暫不缺食。但京畿一帶秋成中稔，銀價較昂，形勢不容樂觀。在由其主筆、全權大臣奕劻等人聯銜的奏折中，他表示，“京城自經燹之餘，各處倉廒悉為洋兵占據，積儲**然一空”，運漕萬不可緩。另外，剝船在變亂中遭受損失的多達700餘隻，剩餘部分又因洋兵未退，難以雇用。南糧能否轉運毫無把握。加之曆年排造油艌，工繁費巨，運米時船戶水手偷盜攙水，百弊叢生，不如趁機改革，交由火車剝運赴京。當然，現在京津鐵路尚未交還，若令承運漕糧，“權不我操，勢多牽掣”。具體情形隻能有待商量。江浙海運、江北河運及上屆存滬餘米，約共米150萬石，但京倉有90萬石即夠支放。本年匯豐、克薩洋款本息共需銀100餘萬兩，未有抵償。他們欲改折部分漕米。結果江蘇擬折漕30萬石，浙江擬折漕228000石，兩省共折銀136萬兩零，起運95萬石。對此，清廷沒有提出異議。