與晚清政局類似，清末漕糧海運也發生了翻天覆地的變化：既有漕糧轉運陝西，又有漕糧改折詔的頒布；既有恢複本色起運的決議，又有江浙大規模截留的出現；既有輪船招商局的獨攬海運，又有火車加入剝運行列。在短時間內進行如此眾多而重大的變革，表明漕糧海運和清政權一樣，都麵臨著巨大壓力，進行著最後的掙紮。有學者視漕糧改折詔為清代漕運製度終結的標誌，但清末江浙漕糧仍然起運本色的事實，確也無法否認。雖數量已經不及從前，但漕糧海運依然不絕如縷，並一直延續到清王朝的結束。
光緒二十六年（1900）是舊曆的庚子年。義和團聲勢浩大的“扶清滅洋”運動、八國聯軍集體侵華、北京慘遭淪陷、慈禧太後攜皇帝倉惶西逃……這一切，都對清代的漕糧海運產生了重大影響。首先，義和團運動爆發後，八國聯軍侵華，占領津京等地區，慈禧太後挾光緒帝出逃，導致漕糧海運中斷，轉而將部分漕糧向山西、陝西運送。其次，義和團運動被鎮壓後，朝廷被迫與聯軍簽訂《辛醜條約》，償付巨額賠款，清朝的財政體係完全崩潰。為籌措賠款，清廷不得不頒布“漕糧改折詔”，雖然江浙後來又恢複本色100萬石，但漕運製度已經遭到致命打擊。再次，為節省費用，清廷開始采納鐵路剝漕的方式，成為繼輪船之後，漕糧運輸工具史上的又一重大突破。可以說，義和團運動是晚清漕糧海運的轉折點。
慈禧太後像
義和團運動以中下層農民為主，他們四處毀教會、殺教士，結果被慈禧太後利用對抗洋人，並發布了清朝曆史上唯一的一份宣戰詔書：要對列強“大張撻伐，決一雌雄”。隨後，英、法、俄、美、德、日、意、奧八國決定以“保護使館”為由，派軍入華。八國聯軍陸續從天津大沽口登陸，在英國海軍中將西摩爾的率領下從天津租界出發，日夜兼程趕往北京。很快八國聯軍就攻占了通州，七月二十一日，聯軍直逼北京城下，慈禧太後挾光緒帝先逃山西，再逃陝西。