漕糧改折詔無法得到真正執行，表明清廷在政策上的搖擺和窘境。得以延續下來的江浙漕糧海運，正如風中之燭，在清末雖得到苟延殘喘，但已風光不再。大規模緩征截留與清末政局動**的趨勢不謀而合。這些都清楚地顯示出，清代漕糧海運已經步入了它的最後歲月。
光緒二十九年（1903），江浙兩省首次成功承運100萬石，其餘部分改折。清廷曆來宣稱，交本交折聽民自便。如果折價定得過高，需要向朝廷交納的就多。如果定得過低，百姓不交本色，官府就須自行出資采購。因此，確定折價對雙方都是考驗。由於江蘇漕糧折價一直高於浙江，浙江巡撫聶緝槼奏稱：江蘇漕糧多收折色，以市價征之於民，以市價解之於上，無輾轉折耗。浙漕名為本折兼收，實則本色多而折色少，且向係紅白兼收，秈粳並納，米色未能一律，不能與市價相提並論，故曆年漕糧折價“蘇多浙少”。
江蘇糧道羅嘉傑因對招商局不滿，私自與英方之太古洋行簽訂草約，英方以低價承包原來由沙船承運的六成漕糧。正在和中方討論修約事宜的英國談判大臣馬凱也欲促成其事，隻是盛宣懷極力反對，將合約作廢，賠款了事。經過此番折騰，盛宣懷表示，願意將招商局水腳自本年始，“每石核減銀5分，實計每石例支運費7錢”。此年冬漕於三月二十一日在滬開運，至八月二十三日全數交倉兌運。按規定，仍獎勵京、滬兩地官員各25人，運行過程與以前大致相同。
另一方麵，京城糧食供應不可能因為一紙改折詔，就突然變得容易起來。如果相應的市場機製不能建立，肯定無法期待產生良好的後果。果然，浙江道監禦史瑞璐很快就上奏：“京師糧價昂貴，貧民粒食維艱，請由南省運米平糶，以代漕運。”以前南漕雖然數量有限，但仍充民食，故京城糧價不致甚昂。改折後市場上少幾十萬石糧食，閭閻購食維艱。袁世凱肯定這一主張，並表示南米來源愈少，“舍招商購運，別無良圖”。他曾在二十八年春間奏準每年辦運60萬石，當時津海關道唐紹儀以及前通永道沈能虎，分別負責其事。不料兩江總督魏光燾因南省米價未平，將滬鎮米糧一律禁止出口。袁世凱重申：“畿輔為根本重地，浩劫遺黎，實藉南米為養命之源，豈能因噎廢食！”再次奏請每年準運南米15萬石。