明清易代之際的政治勢力異常複雜，有建立大順政權的李自成、建立大西政權的張獻忠、由關外而進的後金政權以及北京陷落後的南明政權，頻繁的戰事對漕糧的運輸產生了毀滅性影響。不過，清朝一經定鼎北京後，便立即著手恢複重建漕運製度。
順治二年（1645），兵部侍郎金之俊提議轉運南漕：“西北粒食全取給於東南。自闖亂後，南粟不達京師，以至北地之米價日騰。今王師直取南京……需亟令總漕星馳淮上，巡漕禦吏疾趨瓜揚，彈壓地方，度理運務，俟金陵底定，酌留之餘悉轉太倉。”大致意思是，要求清廷立即從南方調運糧食到北京。清代的漕糧主體來自江蘇的蘇、鬆、常、鎮、太和浙江的杭、嘉、湖地區。清代繼承了明代由蘇州、鬆江、常州、嘉興和湖州5府供納白糧的政策，所不同的是自順治二年起，白糧由民運變為“官收官解”（後來變為隨漕帶運）的軍運。漕糧平安運抵京師，隻是完成了整個漕運過程的一半，接下來更重要的問題是將這些漕糧放置在那些既能較好地保存糧食，又能方便支取以備不時之需的地方。清初在京師地區出現了祿米、南新、舊太、富新、興平、海運、北新、太平八個倉，康熙四十五年建本裕倉。雍正六年建儲濟倉，七年建豐益倉。乾隆二十六年建掌分管京倉的恩豐倉。通州的中、西二倉，則延續了明製。
清代的漕運基本延續明製，但又有下列名目：正兌米，運京倉糧，定額330萬石；改兌米，運通倉糧，定額70萬石；改征，將漕糧改征為其他品種；折征，將漕糧折算成銀，價銀統歸地丁項內，上報戶部。此外又實行截漕（各地漕糧起運後，地方遇災，截留部分作為賑濟，或運往外地）和撥運（主要指截留山東、河南所運薊州漕糧，撥充陵寢及駐防兵米）等措施。漕船數與編製也與明代稍異，一般以府、州為單位，10人一船，10船一幫，每10船互保，總數則由11775隻降為10455隻（實際上用於漕運的僅有六七千隻），每隻出運漕船裝運量不超過500石，另可裝土產往返各口岸行銷，稱為“土宜”。