清代前期對於漕糧的依賴程度與前代相比有過之而無不及。清朝是繼元朝後入主中原的少數民族統治王朝，為了鞏固其統治，定都北京以後，大約有10餘萬八旗將士被分別安置在京師各處，再加上滿人貴族、官僚以及他們的家眷，還有八旗失職人員、鰥寡孤獨這些人，各個都要吃飯、人人都要生存。每年大量的漕糧通過水路運達，為京師糧價的穩定奠定了堅實的基礎。“國計之有漕運猶人之有血脈，血脈通則人身康，漕運通則國計足”。將漕運比喻成人體不可或缺的血液，足見漕糧對王朝和都城的重要性。
為保證漕運正常運轉，清代製定了極其嚴格的規章製度。清代的漕運體製，對牽涉的各級官員及所有辦事人員，均有詳細的處罰獎懲條例和極為完備的辦事規章。不過，因為製度性缺陷的存在，使得所有辦漕之人均感極為困難，“人人以為大，人人以為難”。順治十年（1653）規定：各省糧道經營漕糧，全完者加升一級，欠一分（征收量為全額的90%）者罰俸一年；如再運又掛欠一分者降一級調用，欠二分者降二級調用，欠三分者革職。收兌漕糧如夾有沙土，監兌官降一級調用，押運官革職。康熙五十一年（1712）重新規定：各省押運同知通判，一次無欠者加一級，二次無欠者加二級，三次無欠者，不論俸滿即升；一次掛欠者降一級留任，二次掛欠者降二級留任，三次掛欠者降三級調用，仍將掛欠之米分賠。但事實上，清代除雍正、乾隆年間，社會安定，經濟繁榮，可以辦理全漕，其他絕大多數時間，全漕目標很難達到。既然辦理漕務如此困難，處罰又如此嚴厲，這些辦漕官員豈不是要經常遭受處罰麽？當然，這既非規章製定者的本意，也決非實際運作的真實情形。通常的補救辦法是“報災”。此外官員還可以通過頻繁的調動來逃避責任。康熙三十五年（1696）規定：各省漕項錢糧在十月開征，隔年三月奏銷。因漕糧要兩年後才奏銷，“如及兩年而州縣離任他處者，則又可免處分”，結果導致各州縣幾無兩年不調換的官缺。官員調動過於頻繁，新任官員無法深諳漕務，漕書等人操縱漕糧之事，在所難免。