江蘇的事情已經很不讓清政府省心，浙江與江蘇在海運過程中的矛盾，更為糾結。浙江辦漕實力與江蘇相比本來就有較為明顯的差距，江蘇省率先停止起征本色也對浙江造成不小的打擊。在浙江方麵看來，江蘇僅運米5萬，雖係時事艱難，何以浙省辦運數十萬石，現已“連檣而來”，該省米石不及1/10，尚未全數兌收？如此少的運漕量，即使是江蘇本省官員也極為不滿：江蘇大吏但知彼此諉過，不能公忠體國，聽其潰敗決裂，不肯補救，“雖曰劫數，實由人事釀成，可浩歎也”。
另一方麵，通過此次海運，浙江當局對江蘇的敵意，也得到充分體現。需要強調的是，這裏所羅列的材料都是站在浙江的立場，資料的局限性顯而易見，但從這些帶有明顯立場的材料中，也不難看出雙方的分歧和矛盾。
江蘇不辦全漕，對浙江征漕產生了巨大負麵影響。黃宗漢曾不無苦惱地指出，浙江通省民情，實無一人不打算完漕，“無如蘇省敗壞至此，浙之州縣從而效尤，恨不得漢忽有暴病死了，全漕可以不去，官吏及吃漕規者得以分肥，故輒以蘇為借口”。遲至四月，仍有未解銀21萬有餘，而本年天津用款、倉場輕齎各款，俱要由海同時起運。一邊不來，一連催用，“真令人急煞，亦隻好辦了就是”。他表示，說到人事，沒良喪心之州縣、漕書、迄攬、劣衿、頑梗匪輩，“生怕漕務辦成，米俱出去，銀須起解，多方阻撓，日日盼望賊來，可以不起解矣。謠言四起，怨仇滋生，而其根子則皆由於蘇州之不辦漕”。
浙江辦理海運，江蘇多有掣肘。黃宗漢認為，自始至終，江蘇對浙江海運都極為不滿，“深嫉浙江辦此漕糧，以形其短”。首先是瀏河出海，江蘇不肯先說，經黃宗漢催促，“尚擱一月餘不答，可見凡中不無尤我”。其次是封船，浙江海運所需沙船始終受到江蘇方麵，尤其是江蘇巡撫許乃釗與蘇鬆太道吳健彰的阻擾。“彼時釗猶以謂浙未必辦成，俟其不成，乃益顯蘇之高見卓識，及早已議折價也”。迨三四月間，許乃釗探聽浙江漕務將成，“心嫉焉”，因沙船一節“其權在蘇”，盡管江蘇也曾封雇沙船200號，但吳健彰公然聽船戶捐免，寶山縣丞更是得贓賣放，把停泊各口之沙船全行捐免賣放。隻是海運章程規定，“有銀有米而無船，責在蘇省”，倘浙江漕糧無船承運，則江蘇當局吃不消。江蘇海運局員朱鈞“知吳王八之存心，許乃釗之中其計”，不得已親自到省城，麵見怡良稟報詳情。怡良大發雷霆，將寶山縣丞撤任，書吏枷示河幹，將停泊的沙船一並封發浙局，“其船乃得敷用”。