上海被小刀會占領已經成為一個不能改變的事實，江浙漕糧由上海出運的計劃無指望。戶部便谘文浙撫，希望浙漕能改由乍浦或是其他海口出運。因浙江遲遲未就起運港口之事谘複，清廷急不可耐，又在十月二十八日以五百裏寄諭，嚴令黃宗漢等人要盡快將出海口一事辦妥，不得借任何軍務為托詞，貽誤海運時機。直到此時，清廷還幻想著上海能順利地奪回來，所以寫道：“如上海即日克複，則江浙海運漕糧自可循照舊章辦理。”可惜天不遂人願。
既然上海指望不上，那麽選哪裏作為新的出海口呢？黃宗漢奏稱，他已經派糧道周起濱、嘉興知縣楊裕深前往乍浦調查，如果該處可行，寧波商船自必樂從。可惜乍浦的運糧環境並不好，海口有鐵板沙，大船難以停泊。內河窄狹，盤壩腳力需增加經費。靠近上海，稍有不慎就會造成“糧入賊口”的局麵。尤其重要的是，乍浦閩廣人數眾多，“猝然內應，防不勝防”。為確保漕糧海運安全，“凡人力做得到者，不惜費為之”，在不得已的情況下，他考慮不惜以乍浦之南、“轉運愈艱”的寧波港為出海口，但是寧波的情況的確難以擔當漕運大任。浙江派員與上海船商接洽，船商們一直推脫，認為羊山以南暗礁疊出，容易擱淺，寧願不運漕糧也不願意以船犯險。這樣一來，杭州灣以南各口已無考慮餘地。
黃宗漢繼續命屬員探查，得知江蘇寶山縣蘊草浜河麵深闊，沙衛各船皆泊於此；太倉州所屬瀏河口，本係海運故道，因泥沙淤積而改道，近年來沙淤的情況有所減輕，沙船六七百石者皆可收泊，千石以上則可用小船過載，均堪起運漕糧。黃宗漢聞訊大喜過望，於十月間飛函兩江總督怡良及江蘇藩司陳啟邁，要求確查。經過綜合考慮之後，瀏河口成為了代替上海的出海口。