在太平天國時期，和漕糧海運發生直接關係並產生巨大影響的，首先是小刀會起義，導致江浙漕糧海運出海口的變化，並成為清代漕糧海運史上唯一沒有從上海受兌放洋的特例。其次是鹹豐五年（1855），江浙火輪船護漕成為現實，這是木帆船海運時期，運載工具方麵最重要的變革。再次，第二次鴉片戰爭的爆發，強烈地動搖了清朝官員對漕糧海運所抱的任何幻想，並成為他們反思和改革漕運體製的重要契機。總體而言，這幾年的漕糧海運，乃是在一種無所適從、搖擺變幻的過程中，逐步實現著自身的艱難轉變。
1853年太平軍攻占南京，改稱其為天京，建立太平天國政權。同年5月中下旬，閩南小刀會於海澄縣起義成功，受到農民起義形勢的鼓舞，上海一帶不同的會黨和幫派群眾組織起來，建立了有統一名稱的“上海小刀會”（又稱“匕首黨”）的秘密團體，並揭開了持續大約兩年的反清武裝起義的序幕。小刀會並不是一個全新的團體，而是以往會黨和幫派因反清之目的而形成的聯合，同時也肩負起反抗外國侵略者的重擔。但是上海小刀會的成立也沒有實現實質上的統一，僅僅是在形式上實現了統一。其中，閩廣為五黨，寧波、上海各一黨，這對小刀會以後的反抗鬥爭帶來不利因素。
小刀會城北指揮部：上海豫園
小刀會一起事，便得到了百姓的擁戴，許多小手工業者紛紛加入隊伍，使得小刀會的力量逐漸擴大。小刀會先是在嘉定起事，攻占上海縣衙，殺死署理知縣袁祖德。而後又向道台衙門展開了進攻，蘇鬆太道吳健彰鑒於袁祖德的前車之鑒，乖乖地交出了官印。起義軍占領道署，銷毀科房案卷，繳獲了道庫內存放的銀子。起義軍以道署為大本營，攻打海防署和參鎮署等衙門。此後，他們又一鼓作氣，拿下了上海外灘江海關，上海的征稅機關陷入癱瘓，“江南大營”最重要的軍餉供給被切斷。