（一）采購製度不夠完善
政府采購在我國實施時間不長，相關法律、法規、製度不夠完善，這導致高校在實施政府采購的過程中還存在一些問題。近幾年來，國家有關部門也在對政府采購法律體係進行不斷修改和完善，但仍然有一些相關的製度尚未出台。有些高校在政府采購法及實施條例等的框架下，結合高校自身的采購工作實際，製定了全方位、多層次的製度體係，出台了采購管理辦法及配套實施細則。在采購管理過程中，這些製度起到了綱領性的作用，減少了采購過程的人為因素，增加了采購管理的透明度，加強了風險管控，提高了采購效率和質量。但有些高校采購製度不健全，尤其缺乏具有指導性、實用性、可操作性強的采購製度體係，導致高校相關部門在政府采購的具體執行中，遇到很多實際問題而無法得到有效解決。
（二）采購預算不夠嚴謹
采購預算是高校實施采購的依據。一些高校采購計劃粗糙，采購需求編製沒有經過充分的市場調研，沒有做到根據用途確定需求的類型，根據實際需求選擇功能。高校采購資金來源多樣，很多科研經費或者財政撥款到年底如有結餘會麵臨清零的情形，從而年終臨時用錢、突擊采購的現象嚴重，導致預算編製缺乏科學性和準確性，與采購執行脫節。
（三）采購流程不夠規範
無論采用何種政府采購方式，都應當合法合規地執行相應的政府采購程序。有的高校缺乏政府采購的規章製度、管理辦法，政府采購工作無章可循；有的高校隨意采購，濫用采購方式，沒有按照采購預算及采購項目的類型、特點選擇合適的采購方式；還有的高校缺乏專業人員，采購文件編製質量不高，采購活動組織不嚴謹，評審專家存在“專家不專”“專家不足”等問題，從而導致采購質量不佳，大大影響了政府采購的效果。