（一）銜接不暢，機構職責不清
目前，高校固定資產會計核算仍存在一定程度上的不足。例如，固定資產的定期或不定期盤點清查製度難以落實，賬實不符現象較嚴重；財務管理部門與資產管理部門定期對賬製度未能嚴格執行，賬賬不符現象時有發生；由於基建會計獨立核算，對於部分建設周期較長的項目在竣工決算前兩部門未核對往來款金額，數據口徑不一致等原因造成賬賬不符。
另外，機構職責不清還體現在無形資產管理弱化上。新高校會計製度明確規定，高等學校持有的沒有實物形態的可辨認非貨幣性資產，應確認為無形資產。由於資產管理部門大多僅重視固定資產的管理，在資產係統裏將土地使用權並入房屋建築物的價值，將所有軟件視同電腦一樣，作為通用設備報增固定資產。由於對無形資產計量的依據不足，難以進行評估入賬，職能部門權責界定不清，有些高校幹脆就不確認無形資產，造成財務信息失真。
（二）二者融合的製度不健全
一方麵，高校的財務管理製度受傳統財務管理體係的影響，長期固化，科學性、有效性都存在不足，不能適應新的情況，導致高校財務管理人員在執行財務製度和滿足財務服務工作需求中，存在兩難選擇；另一方麵，財務管理的一些關鍵環節製度不健全，業務操作缺乏相應的控製規程，缺乏財務信息披露製度和考核機製，監管係統不完備，容易造成風險和資產流失。
（三）分類標準不一致
在財務係統上的資產按照會計科目的分類包括流動資產、固定資產、在建工程、無形資產和對外投資等；資產係統上的資產一般隻包括固定資產。資產係統上的固定資產有兩套分類標準：按照《高等學校財務製度》的分類，高等學校的固定資產一般分為房屋及構築物，專用設備，通用設備，文物和陳列品，圖書、檔案，家具、用具、裝具及動植物6類；按照高等學校固定資產分類及編碼，分為16類。僅以固定資產為例，兩套係統很難一一對應，造成了價值管理和實物管理的脫節。