無形資產評估方法直接關係到評估結果，我國無形資產評估實踐中，往往由於不能運用科學的方法，造成較大的誤差，因此高校要深入研究各類無形資產的評估方法，借鑒國外先進經驗，結合我國評估工作的具體實踐對評估方法加以創新。現行的無形資產評估方法主要有市場價值法、收益法和成本法三種。
第一，市場價值法。這種方法根據市場交易確定無形資產的價值，適用於專利、商標和版權等，一般是根據交易雙方達成的協定以收入的百分比計算上述無形資產的許可使用費。這種方法存在的主要問題是：大多數無形資產並不具有市場價格，有些無形資產是獨一無二的，難以確定交易價格；無形資產一般與其他資產一起交易，很難單獨分離其價值。
第二，收益法。這種方法是根據無形資產的經濟利益或未來現金流量的現值計算無形資產價值的，如商譽、特許代理等。這種方法的關鍵是確定適當的折現率或資本化率。這種方法存在難以分離某種無形資產經濟收益的問題。此外，當某種技術尚處於早期開發階段時，其無形資產可能不存在經濟收益，因此不能用這種方法進行計算。
第三，成本法。這種方法是計算替代或重建某類無形資產所需的成本，適用於那些能被替代的無形資產的價值計算，也可估算因無形資產使生產成本下降、原材料消耗減少或價格降低、浪費減少和更有效利用設備等所帶來的經濟收益，從而評估出這部分無形資產的價值。但由於受某種無形資產能否獲得替代技術或開發替代技術的能力以及產品生命周期等因素的影響，無形資產的經濟收益很難被確定，這使得此法在應用上受到限製。