（一）計劃經濟體製之下的高校資產管理（1949—1978）
這一時期我國實行的是高度集中的計劃經濟體製，高校作為事業單位的重要組成部分，資產屬於國家所有，政府掌握著高校的設立、注銷及編製，對其各種活動進行直接管理，並為其正常運行提供財政支持。這種高校國有資產製度奠定了我國高校發展的基礎。隨著我國社會主義事業的不斷發展，該模式在實踐中表現出管理人員國有資產管理意識淡薄、管理製度不完善、職責不清、資產使用效率低、資產閑置浪費等問題，製約著高校的發展。
（二）市場經濟體製下的高校資產管理（1979年至今）
改革開放以後，在“以經濟建設為中心”的指導下，我國高校國有資產管理體製也開始改革。
1.改革探索階段（1979—1987）
1979年，財政部出台了《關於文教科學衛生事業單位、行政機關“預算包幹”試行辦法》，國家對包括高校在內的行政事業單位進行“預算包幹”改革，使高校在結餘資金上有更大的支配權，激勵相關主體努力提升資產使用效率。同時，國家也開始出台規範國有資產處置收益等一係列政策，如“收支兩條線”。但是，計劃經濟模式仍然是高校非經營性國有資產管理的主導。
該階段世界銀行開始給中國高校貸款，用於科研設備的購置，拓展了高校經營性國有資產的來源，優化了其結構，改善了辦學條件，促進了高校事業的發展。世界銀行對於貸款使用有較為嚴格的全過程管理，目的在於保障貸款能夠產生較高的社會及經濟效益。以此為契機，人們開始關注非經營性國有資產的管理，製定出一係列的規章製度，將評估、招標等機製引入國有資產管理之中。
該階段的改革使高校具有了對非經營性國有資產的支配及收益權，在激勵了相關主體提升非經營性國有資產效率的同時，因分級管理體製而沒有製定出完善的監督機製，也使機會主義行為的風險加大。