（四）太極
方以智在中年著作《易餘》和《東西均》中多言“太極”，但在晚年《一貫問答》中卻僅出現一次。於此可以說明方以智晚年漸以“心”為重，客觀天道則漸趨偏弱。“太極”之名，最先見於《易》，《係辭上》說：“是故易有太極，是生兩儀。”後來，周濂溪《太極圖》中說“無極而太極”。到了朱子，“太極”遂成了主要範疇之一。但不執一說的方以智稱引“太極”並非承接朱子，因為朱子“太極隻當說理”而不可說為“性”[68]。再者，朱子的“太極”不能是“貫古今之於穆太極也”。方以智“太極”的涵義主要取《係辭》“易有太極，是生兩儀”之“太極”的“生”意，並引申為“太極非陰陽，而陰陽即太極”或“太極藏身於一切爻”，藉此闡明“體統用、用即體”[69]的道理。
為何說方著中的“太極”與“所以”等一樣，就是“天道”呢？他說：
不離有無而不落有無者，貫古今之於穆太極也。貫古今者，不能逃古而今、今而古之輪，猶之無生死者不能逃生而死、死而生之輪。輪直未生前，為不落有無之無，猶輪直核中，為不落仁樹之仁。輪直既生後，為不落有無之有，猶輪直芽時，為不落仁樹之樹。聖人知之，通知一不落有無之洋溢太極，惟適用其有極即無極之貞一卦爻。所謂亙古此陽之一，亙古此陰之一，亙古此不落動靜之一，亙古此動靜之一者也。[70]
“太極”是“一”，是“貫古今之於穆”，同時亦為無生、無死的絕對存在者。“於穆太極”貫古今，猶仁貫全樹。“太極”就是“仁體”，這是無疑的，如他又說：“甲坼參天，何葉不仁？膚粟、足拇有掐之不覺者，謂之不仁。診知此一法身圓溢周洽，則九十九萬毛竅皆太極也。”[71]“仁為生意，故有相通、相貫、相愛之義焉”，有仁必生，生後仁在樹中。他說：“大一分為天地，奇生偶而兩中參，蓋一不住一而二即一者也。”[72]“一不住一”即表明“太極”或“大一”猶種仁一般，遇露必生萬物。同時，惟其有“仁”，方猶天道於穆不已、生物不測，他說：“明明上天之載，而無聲無臭，是不落有無者也。”[73]此則直接將“太極”說為“天道”。“不離有無”是謂“天道”或“太極”貫於萬物，即“太極藏身於一切爻”，為學不能“務偏上以競高”，不能“執一”而妄談虛道，要於日行之中見道，在學中悟道；“不落有無”是謂“太極”之無私與遍在。從道德實踐上來說，則喻聖人無心以應物而不偏執於外物。