自侯外廬始，尤其是1962年《東西均》行世以來，方以智的哲學思想才受到學界的廣泛關注。餘英時先生曾簡要地概括了三百多年來世人對方以智思想發掘的發展過程，他說：“密之著述等身，其傳世者以《通雅》五十二卷、《物理小識》十二卷、《藥地炮莊》九卷為最有名。其中《通雅》一書尤為學者所稱道，四庫館臣至謂其開顧炎武、閻若璩、朱彝尊輩考證之先河。近五十年來，西學大盛於中土，密之因與明末耶穌會傳教士極有淵源，故其著作中涉及自然科學與音韻學之部分複備受世人之重視。自1962年密之遺稿《東西均》行世，世之治密之之學者又轉其注意力於密之之哲學思想焉。”[1]餘英時先生認為，三百多年以來，密之之學受世人關注者，隨時而易，大致可分三個階段：有清一代多重其考據學，在東西文化碰撞的近代多重其自然科學和音韻學，自《東西均》行世以來學者多究其哲學思想。也就是說，關於方以智哲學思想的研究隻是“自1962年密之遺稿《東西均》行世”以來的事。
（一）對方以智宇宙觀的探討
關於方以智宇宙觀，學術界的看法主要有三種：第一種認為方以智是唯物主義者。其中又有差異，或認為是火一元論，或認為是氣一元論，或認為是火—氣一元論；第二種認為方以智是客觀唯心主義者；第三種認為其早期是唯物主義，而晚期轉向唯心主義。
最早對方以智哲學思想進行係統研究的侯外廬先生認為“從他的自然體係說來講，他的世界觀是以‘火’為中心的唯物主義一元論”[2]，“方以智的唯物主義宇宙觀點是火的一元論。這在他的著作中是經常可見的，……但是一般他仍用氣的範疇。”[3]此說一出即受眾多學者的呼應，視火一元論為方以智獨特的思想特征，如張德鈞就認為“方以智哲學思想的最大特點，則是他在氣一元論的理論基礎上更補充了‘五行尊火論’、‘凡運動皆火之為’嶄新的說法”[4]。潘富恩等先生認為“方以智認為‘火’是物質世界的本源，同時又是物質世界所固有的屬性——‘運動’”[5]。冒懷辛先生也認為“‘氣’一元論的唯物主義自然觀，不能算是方以智哲學思想的特點，而它的最大特點則是提出了‘火’一元論，火是萬物生死運動的本原”[6]。冒先生進一步分析了“火”的特性：第一，具有物質性；第二，具有永恒性；第三，具有普遍性；第四，具有內在的矛盾性。[7]楊向奎先生雖亦持方以智“火一元論”的觀點，但並不認為此說為方以智所獨創，他說：“無論在中國或者是歐洲，以‘火’為宇宙生成的基本物質都不是新鮮命題。中國古老的五行中有火，在古希臘詩人兼哲學家赫拉克利特（Heraclitus）看來，以太火乃是基本元素或實在，是一種靈魂的材料，一切都用它造成，也都要回到它那裏去。……我們相互比較後，知道方以智的‘火’的理論以及辯證法的思想是和赫拉克利特的觀點相似或相同的。當然，不是方以智在抄襲，因為他不可能看到古希臘哲人的學說，隻能說前後哲人的理論相似或者相同。他們之間的時間差距已近兩千年，兩千年前的學說，兩千年後由別國人重複，這還有什麽科學價值或者是哲學上的意義嗎？我們不能簡單地看問題，科學以及哲學的發展並不是直線的，它往往是循環往複的。”[8]並由此得出“明、清兩代，這中國封建社會的後期，無論如何，敵不過發展時期的資本主義，我們落後了一個時代”的結論。