與同時代的大思想家顧炎武、黃宗羲、王夫之相比，方以智的不幸不僅表現在其晚年事跡隱晦不明，而且其著作至今亦難獲全貌，更不用說對其思想的發掘了。方著於其中歲未成定型即遭大難，他在丙戌年（1646）《又寄爾公書》中說：“智弱冠災木數十萬言，皆詞賦也。後稍稍有所進，著作古文，皆不以示人，考辨經史，不敢與人言論，以末世惡人學問也。矢死幸還，一切生平著作，所博記經史之疑，所收金石古文文字之原，所考天官與圖律異記，所訊邊事土情，俱灰燼矣。流離南海，時為門人姚端有所纂錄，及入楚遁沅，又多亡失。”及披緇北歸，晚年所作，僅有《炮莊》得友人資助才得以生前雕刻，大多至今仍為手抄本流行。《清史稿·遺逸傳》稱他“著書數十萬言，惟《通雅》、《物理小識》二書盛行於世”，其實“盛行於世”實為譽辭，因為有清一代，鮮有稱引者。時至今日，連其著作名稱及數量亦難以獲得清楚的認識，除了《清史稿》稱其“著書數十萬言”之外，也有學者認為方以智有“數百萬言的著作”[1]，有的認為其“僥幸傳世的幾百萬字的著述，且不說那些手抄本，即便少數刻本亦多為孤本，都甚難得見”[2]。
早在1957年，侯外廬先生就著手對方以智的著作進行搜集與整理，除《通雅》與《物理小識》外，據其所見，尚有24種著作，其中多為抄本。哲學著作除了《炮莊》“成都美學林排印不全”外，其餘全為抄本[3]。1981年冒懷辛、金隆德先生分早、中、晚期對方以智重要的哲學著作進行了考辨和介紹[4]。其中於方以智著作考證最係統、最全麵者，當屬1985年出版的任道斌先生《方以智著述知見錄》，該著“承北京圖書館、安徽博物館、浙江圖書館、謝國楨先生、劉慎旃先生等提供寶貴資料，又屢引饒宗頤、鄭德坤、餘英時等先生論文資料”，分“詩詞歌賦類”、“文集”和“畫冊、題跋及墨跡”三類，共考訂方以智著述一百四十六種[5]。任先生詳細地介紹了各著的存留現狀、主要內容、寫作時期、卷數和字數等，極大地方便了學術界對方以智著作的收集、整理與研究。後來，蔣國保先生《方以智哲學思想研究》專辟“方以智著作索考”一章，將其“多年來收集到的有關方以智著述”一百四十種，進行了分類、考辨。蔣先生的有些工作做得更為細致，如其將方以智的“傳世的著作”與“佚著”分開，在“傳世著作”中又分“博物及自然科學類”、“詩文類”、“哲學類”和“綜合類”等，尤其是其中的“佚著考略”部分，讀之足信。由於任、蔣二先生對於方著的聞見略有不同，二著相資為用則更妙。