方以智少年時代曾隨父遊川、閩、京等地，十九歲後，他常單獨外出會友、交遊，活動於江南一帶。崇禎七年（1634），家鄉桐城農民起義，方以智流寓南京。崇禎十三年（1640）中進士，任工部觀政、翰林院編修、皇子定王講官。同年其父因戰敗下獄，方以智請代父罪，未獲準。清順治元年（1644），方以智為農民軍所獲，後乘隙南逃，卻被誣為“贖徒”，隻得亡命南粵。順治四年（1647），桂王朱由榔即帝位於肇慶，方以智任中允，但遭到太監王坤的排擠，旋即離職西去，隱遁於粵西、湘貴少數民族地區。後永曆帝數召其入朝輔政，方以智稱病不出，“十召堅隱”。清順治八年（1651），方以智被清兵搜獲，清帥見其堅貞不屈，遂許其在梧州的雲蓋寺出家為僧，法號無可。次年，隨施閏章返桐城，方以智在家鄉為逃避清廷征用，遂受戒於南京高座寺。順治十二年（1655），父方孔炤病卒，方以智破關奔喪桐城，廬墓三年。期滿，禪遊閩贛，行無定所。清康熙四年（1665），方以智入主青原，清康熙九年（1670）稱病退養於泰和首山陶庵。次年中“粵案”，在南解途中，舟行萬安惶恐灘時方以智“完名全節以終”[1]。
方以智說：“尚論古今，貴有古今之識。考究家或失則拘，多不能持論，論盡其變。然不考究，何以審其時勢，以要其生平？”[2]如果未詳方以智一生之跡變，論其學術難免“或失則拘”。目前，學術界對方以智生平的研究已獲豐富的成果，相對於其思想而言，其生平似乎更引人注目，尤其是餘英時先生的《方以智晚節考》，影響頗大。
（一）關於方以智一生活動的分期
方以智身處“天崩地坼之日”[3]，他“跳北趼南，數履磑磑之刃”[4]，從早年的“詩酒狂生”到晚年“塗首垢麵”一僧佗。其性情亦隨之而變，從“慷慨激烈”的“直言極諫”至“不得已”而“支離連犿”；從青年的“漢室賈生”到“甲申之變”後的“卦刀不應”之隱者，等等。故於方以智的行跡分期尤為重要，此乃治其學之前提。早在1957年，侯外廬先生就以“方以智前期的學術作品以《通雅》一書為代表，後期的作品以《炮莊》為代表”[5]的分期方式，對方以智的思想進行了較深入地研究。當然，侯外廬先生旨在倡導方以智的學術成就，他並沒有對其生平進行深度發掘，僅概以前、後兩期。目前，關於方以智的生平與學術分期，學術界大致存有兩種觀點：一是持“三期說”，一是持“多期說”。