“且行異類，托之冥權”，是方以智之所以逃儒歸釋的真實寫照。雖然如此，其“從而三之”的思維方式，明顯受到天台宗“三諦圓融”的影響；其體用圓融論亦與華嚴宗相關，如他說：“夫豈知華嚴一乘，即別是圓，無一塵非寶光，無一毛非海印乎？”關於方以智的思想歸宗，我們不能“泥於跡”來定其說。方著中所出現的範疇都是經過他“炮製”、“烹飪”過的，其內涵別有新義。透過方著的用語層麵，全書通過對其心性論的深入分析，認為方以智中晚年所論是以《周易》為本，接續陽明心學，補其缺憾，另有以易理會通三教之意。當然，程明道“以覺訓仁”、“至善無對”、“性無內外”、“廓然大公，物來而順應”和“天人一本”的思想，張載“一故神，二故化”觀點，以及王龍溪“四無”之說，都是方以智心性論的重要思想資源。從其曾祖父方學漸“見世之談心，往往以無善無惡為宗，有憂焉”之論來看，方以智不是謹守家學者。
[1] 《又寄爾公書》，見《嶺外稿》（中），載《浮山文集前編》卷八。
[2] 《物理小識·總論》，總第745頁。
[3] 《象環寤記》，載方以智：《東西均》，李學勤校點，北京，中華書局，1962，第161頁。
[4] 龐樸注釋：《東西均·象數》，第204頁。
[5] 《象環寤記》，第161頁。
[6] 方中通：《哀述》，載餘英時：《方以智晚節考》之附錄《方中通〈陪詩〉選抄》，第264頁。
[7] 同上書，第264～265頁。
[8] 施閏章：《無可大師六十序》，見餘英時：《方以智晚節考》之附錄《重要參考資料選輯》，第248頁。
[9] 沈善洪、吳光編：《黃宗羲全集》第一冊，杭州，浙江古籍出版社，2005，第367頁。
[10] 餘颺：《炮莊序》，載張永義、邢益海校點：《藥地炮莊》，第5頁。