我們萬萬不可“泥於跡”以定密之之學，既不能以其入佛之行跡，而認之為佛，亦不能因“真如”、“般若”、“空”、“無”等字跡而以其為佛或老莊，更不能以“智每因邵、蔡為嚆矢”之言跡而信其為象數學。同理，我們不能以其有“所以”、“學”等範疇就以為是朱子學。我們知道，方以智所采用的範疇都是經過他“炮製”、“烹飪”過的，其內涵別有新義。為了防止執一家之言，即使有與前人相同意義者，他也另立新詞以別之，如“公心”其實就是孟子的“大體”、張載的“天心”、陸九淵的“本心”、陽明的“良知”。這是他“圜三化四，不居一名”的個性特色與學術主張。所以，欲究其學，須通其大旨，於其言外悟其心，不可尋章摘句。
透過方以智著述的用語層麵，本著通過對其心性論思想的全麵探討，筆者認為方以智中晚年所論，客觀上本《易》講於穆不已之天道、太極、貫幾、公性等，主觀上本《論》、《孟》談仁、公心、潛體、率性等，以“人心即天”著明天人合一、心性一體，自《易》滲透《論》、《孟》，使之一貫無礙而互相發明，其思想亦因此而圓滿。以此窺其學，則為牟宗三所言“縱貫係統”。如果就方以智的學術使命而論，則是以《周易》為本，接續陽明心學，補其缺憾，另有以易理會通三教之意。如果單從理學學術史的自身發展脈絡來看，方以智的體用論、心性論又有回歸北宋諸儒由《周易》和《中庸》為入路的學術特點。程明道“以覺訓仁”、“至善無對”、“性無內外”、“廓然大公，物來而順應”和“天人一本”的思想，以及張載“一故神，二故化”觀點，都是方氏學旨的重要思想資源。另外，其“無知”、“無心”、“無意”、“無物”之說，顯然亦深受王龍溪“四無”說的影響。以上諸元素並非扞格不融，因為程明道、王陽明、王龍溪本來就是一係[27]。這個結論既合其“提心宗而百家之理皆歸一”之論，又不與施閏章“易理”說、黃宗羲的“言河洛之數，另出外意”說相矛盾。