關於方以智的思想歸宗，他本人的說法顯然是重要的參考標準。然其說不一，總結起來大致可歸為兩種：第一，就是“烹三炮五吞一味”、“萬法惟易足統之”的百家（或三教）歸《易》論；第二，就是“提心宗而百家之理皆歸一”之說。以上說法都含“坐集千古之智”與“鞭笞百家”之意，區別就在於對《易》的認識與理解，如果以“太極”為仁心，立體致用，藉《易》闡發體用不二的原則，則亦契於陽明心學；如果是“因邵、蔡為嚆矢，征河、洛之通符”之《易》，其學旨就不同於心學。所以，我們依他本人所言，將其學思所宗歸於以上兩種的做法，應該不算錯。
第一種說法，即“三教歸易”，可以說是他一生最大的願望，這也是他反複強調的一種學術旨趣。入佛前，他在《又寄爾公書》中說：“以五年畢詞賦之壇拈，以十年建功於朝，再以十五年窮經論史，考究古今，年五十則專心學《易》。少所受王虛舟先生河洛象數，當推明之，以終天年，人生足矣。”[1]早年，他在《物理小識·總論》中亦雲：“智每因邵、蔡為嚆矢，征河、洛之通符。”[2]及披緇為僧之後，他在《東西均》中提出欲以“全均”統“眾均”，其統之根基亦是《易》。《象環寤記》雲：“吾故望有知其全者以療教，則必集大成以為主，非可平分也。溯其原同，則歸於《易》耳。”[3]諸如此類的話，在其詩文雜記中還有很多。相對而言，第二種歸宗於心的說法，卻很少見。據筆者所及，僅在《東西均·象數》中出現過一次，他說：“提心宗而百家之理皆歸一矣。執心與理之二名相確，而不知可一、可二、可萬者，此鐫其方便之藥語，而不肯參伍天地人之象數也。”[4]並且，就在此一語中亦有“象數”在其間。除此之外，他還斥責陸象山“六經注我”的心學思想，他說：“象山、慈湖當證心於象數，注我自得矣，獨不念六經賤而私心橫耶？”[5]可見，與“歸《易》”說相較，單從字麵上來看，“歸心”之說顯得微不足道，所以，此說遂完全被後人忽視。