研究方法的簡單化，必然導致思想家所關心的某些重心很難進入研究者的視域，或以一種變形的樣式成為研究對象。如果不能另辟新的研究方法，就很難突破既定的研究典範，更談不上深化既有的研究成果。目前能夠深透方以智“善巧而理數之”之“善巧”，對方以智建立在超越的、普遍的“公心”、“公性”基礎上的“道寓於藝”、“質測即藏通幾”等思想的深入探究不多見。有些文章即使涉及了“心”與“性”，也是基於“認識論”的研究需要，從而忽視了對作為價值根源的超越“公心”與“公性”的研究。這種現狀皆因目前學界多采用相同的研究典範，以致許多文章的內容與說法並無實質性的區別。
筆者認為，除了繼續推進侯外廬、冒懷辛、龐樸、羅熾、蔣國保等先生們的研究成果之外，我們還需要借鑒熊十力、牟宗三等先生的治學方式、方法。這不是一個誰是誰非的問題，而是為了共同的目的所采用的不同的治學方法與考量視角。
熊、牟二先生並沒有對方以智的思想做過專門的研究，尤其是牟宗三先生從未提及過方以智及其學。熊十力先生亦隻是“常聞”而已，他說：“常聞明季哲人方密之遺書，謂中學長於通幾，西學長於質測。通幾由修養而得，質測乃知識所事，其與吾儕今日之論，猶一轍也。”[1]熊、牟二先生對中國哲學問題的思考，可以為我們研究方以智的思想提供諸多啟示，如熊先生以為“一”為體，“二”為用，“三是包含一和二”的“全體大用”[2]，以及稱本體為“輪尊”或“恒轉”的觀點。我們不能說熊先生這種說法就與方以智的“一在二中”或“舉一明三”，並且“一”就是“輪尊”的說法完全“猶一轍”，但我們卻可以思考這樣的問題：熊先生為何不以為自己在講辯證法呢？或當代新儒家們或治新儒家之學的學者們就不以其為辯證法呢？再如，牟先生對程明道“天人本無二，不必言合”的思想有過獨特精深的研究，而方以智“以上貫下”之天人一本的思想，或多或少地繼承了程明道所闡義理，我們為何要無視牟先生的研究方法呢？