方以智晚年罹遭“粵案”，在當時嚴酷的政治環境下，時人“咋舌搖手，如疫癘猛火不敢近”[1]，有清一代學者多避而不稱其說，其學亦不能流傳於後。從《明儒學案》一直到《漢學師承記》、《宋學淵源錄》以及《清學案小識》、《清儒學案》，都沒有他的名字。當然，方以智的哲學著作不得其傳，與其“卮之、寓之，支離連犿”[2]的用語，亦存在直接的關係。特別是在中年以後，方以智著書好禪語、莊言，且會通《易》之旨，讀者多不解。方中通哀述其父方以智曰：“異類中行，原非獲己。行者固難，知者亦不易。”[3]不僅如此，其著還多立寓言、巧說，難辨虛實，友人張自烈說：“餘自信知宓山者，卒亦未能盡知，以其寓而不有也。”[4]諸多原因終致方以智的思想及著作在其死後的三百多年時間內長期湮沒不顯。經侯外廬、李學勤先生的努力，《東西均》於1962年得以行世，方以智的哲學思想也同時受到了學界的廣泛關注。餘英時先生曾簡要地概括了三百多年來學術界對方以智思想發掘的發展過程，他說：“密之著述等身，其傳世者以《通雅》五十二卷、《物理小識》十二卷、《藥地炮莊》九卷為最有名。其中《通雅》一書尤為學者所稱道，四庫館臣至謂其開顧炎武、閻若璩、朱彝尊輩考證之先河。近五十年來，西學大盛於中土，密之因與明末耶穌會傳教士極有淵源，故其著作中涉及自然科學與音韻學之部分複備受世人之重視。自1962年密之遺稿《東西均》行世，世之治密之之學者又轉其注意力於密之之哲學思想焉。”[5]
方以智哲學思想受到重視雖然隻是近五十年的事，但已經取得了可喜的成果[6]，主要體現在以下幾個方麵（單篇論文除外）：第一，在對方以智著作的整理和注釋方麵，除了上述提到的由李學勤先生點校的《東西均》（後附《象環寤記》）之外，龐樸先生於此貢獻最大。龐樸先生的《〈東西均〉注釋》於2001年由中華書局出版，其意義在於，該著首次打破了方以智“寓而不有”的語言堅冰。接著，龐先生的《〈一貫問答〉注釋》在2006年分別於《儒林》第一輯、第二輯連續刊出。這次雖然不是以單行本的形式出版麵世，但相對此前《一貫問答》僅以手寫本的形式沉睡於博物館來說，其意義遠遠超出《〈東西均〉注釋》。另外，由張永義教授、邢益海博士點校的《藥地炮莊》，以及張永義教授校注的《青原誌略》，分別由華夏出版社於2011年、2012年刊出，此乃二著首次以單行本的形式與讀者會麵。以往難得一見的珍貴資料，如《藥地炮莊》之“總論”及“曆代序跋”，得以全貌以饗讀者。第二，研究方以智思想的專著。（1）蔣國保先生的《方以智哲學思想研究》於1987年由安徽人民出版社發行。此著力求以一定的方法論原則為指導來探求方以智思想發展的內在邏輯，並提出了許多獨特觀點與看法。為完成此著，蔣教授“先後手抄了他的論著計百餘萬字，並且手抄了其祖、父以及師、友、子的著作計四十餘萬字，還對其主要的哲學著作《東西均》作了逐字逐句的注釋”[7]。（2）張永堂先生的《方以智的生平與哲學思想》於1999年由台灣商務印書館出版。此著認為方以智“繼承曾祖父方學漸‘藏陸於朱’”的思想又具有“三教合一”之目的，隻是結論太多，缺少必要的深入分析。（3）羅熾先生的《方以智評傳》於2001年由南京大學出版社出版。全書以明清之際“天崩地坼”的曆史大背景以及方以智坎坷的人生經曆為基礎，深入地透析了他的三教觀、會通古今中西的治學方法，並對其哲學、史學、考據學和文學、藝術等方麵進行了全麵細致的闡述，展示給讀者一個鮮活的、立體的方以智全貌。（4）2004年由三聯書店出版的餘英時先生所著的《方以智晚節考》（增訂版）。餘英時先生在海外史料不足的情況下廣收博稽，“考密之晚節先後十有餘年”[8]。其間餘先生幾易其說，許多方以智晚年隱晦不彰的事跡得以明朗化。除此之外，另有彭迎喜的《方以智與〈周易時論合編〉考》（中山大學出版社，2007）以及錢王剛先生的《方以智傳》（安徽人民出版社，2008）。第三，研究方以智思想的博士論文。（1）謝仁真教授的《方以智哲學方法學研究》（台大哲學研究所，1995）；（2）周勤勤教授的《方以智“均的哲學”研究》（中國社會科學院研究生院，2003）；（3）劉貽群的《方以智〈東西均〉思想研究》（武漢大學，2006）；（4）彭戰果的《方以智儒佛道三教會通思想研究》（山東大學，2009）。北京大學周鋒利博士、中山大學邢益海博士亦致力於方以智哲學思想的研究。除此之外，還有美國彼德遜教授的《方以智：西學與格物》（Fang I Chih:Western Learning and the Investigation of Things, 1975）及《匏瓜：方以智與對思想革新之衝動》（Bitter Gourd：Fang I Chih and the Impetus for Intellectual Change,1979）。遺憾的是，筆者至今無從得見彼德遜教授的著作。王煜先生的《讀方以智〈東西均〉》一文後附有對彼德遜教授《匏瓜》一著的詳細介紹。