在修養的工夫上，本章主要從“盡心見性”、“格合內外”和“外學多，內學一”三個不同側麵分別論述了方以智“打通內外”的工夫論。對方以智來說，這三種工夫都重要，並且皆遍見於其中晚年各著作中，無分主次。這三種工夫都是以仁心作為超越根據，都以“一在二中”和“內外合一”作為理論前提，以“打通內外”和“見性”為目的。其重點處稍有所不同，“盡心”和“格物”是從除去所執之私欲、私意處著眼，讓仁心貫通於事事物物。“盡心”主要顯明了仁心“虛”（“空”）而無滯的特性，而“格物”則又較突顯了仁心“轉物”的主宰性。相較前兩種除“殼”去欲的力量皆來自“仁”本身而言，“學”的工夫又牽動了“外智”。在他看來，仁體就是“萬物一體之量”，而非“核中之仁”或“寂體”，即仁心本來與事事物物不隔，事事物物皆仁心天理流行貫通。處明清之交的方以智認為仁心所貫的事事物物（即“全樹全仁”之“樹”）不再偏於倫理範域，而是“救世”、“技藝”、“使民安生”、“茶飯”等有關民族安危、百姓安生的“實事”、“實學”，這是他與王陽明“致良知於事事物物”的不同處，亦可以說這就是方以智在新的曆史時期對陽明學的豐富與發展。
方以智“打通內外”的工夫論，明顯受益於大程子的“識仁”說，以及《定性書》“以其心普萬物而無心”和“性之無內外”的講法。王陽明的“致良知”和王龍溪的“四無”說，亦盛著此義，此乃縱貫係統的工夫法門。雖然方以智有調和朱、王的願望，但總是與朱子的“格物”工夫湊泊不上，無論是“盡心”、“格物”論，還是“外學多，內學一”論皆如此。例如，他訓“格”為“至也，方也，正也，通也，感也”以及“八者非可執次第而言”的觀點。盡管方以智強調“外學多”，但此“學”對象多為“質測”之經驗知識，屬於“外智”，而與“須用添個敬字方才牽扯得向身心上來”的朱子“格物窮理”不同。