在善惡觀上，方以智具有鮮明的個性特色，體現在以下幾個方麵：第一，方以智堅持“性善論”，但是，他始終是以“天命之謂性”與“繼善成性”來說性之至善，這是他認為天道、心性同為“於穆不已”之仁體的必然結果。其性善論並非本孟子的“四端之心”而言的，如“於穆不已，無聲無臭，未發之中，稱之為善”，但這仍然契合孟子所言性善，因為孟子本來就有“盡心知性知天”的說法。第二，對方以智來說，存在兩種截然不同的“善”，即“有善惡對待之善，有不落善惡之善”。其中“不落善惡之善”就是先天性體之至善，而“善惡對待之善”則是後天與“惡”相對的“善”。他對性之“至善”的看法又明顯同於程明道及胡五峰等認為性善是“非惡所取對”的觀點，而表現出與朱子的看法有異。同時，其“無善無惡乃至善”的思想內涵又多少采擷了王陽明“無善無惡心之體”的說法。他們“至善”觀的共同點僅限於此，因為方以智以“無善惡在有善惡中，善在惡中，體在用中”的方式，直視“至善”為體，這是他善惡觀的第三個特色。方以智論善惡的第四個特點就是“惡消而善不立”的說法。他按照“源一流二，二即善、惡”的思想，相對至善（“一”）而言，“二”就是後天的善與惡，或後天的習氣（惡）。由於他視後天的“用”（或“二”）為惡或有善有惡，故一切相反相因之“二”皆可以善、惡言，如“靜則善，動則惡；體屬善，用屬惡；生為善，死為惡；未生為善，生後為惡”、“春夏善，秋冬惡；晝善，夜惡”等，並以此肯定了“小人”、“惡”存在的必要性。在這些善惡論的特色中，從前兩點我們又可以看出方以智有回歸北宋諸儒由《周易》和《中庸》為入路的特點。